Las islas más grandes de Japón son Honshū, Shikoku, Hokkaidō y Kyūshū, que juntas representan el 97% de la superficie terrestre de Japón. En total, Japón tiene más de 3,000 islas. Las islas de Japón han estado ocupadas durante mucho tiempo, desde al menos el 35,000 a. C. Durante la última Edad de Hielo, Japón habría sido relativamente balsámico, a salvo de los enormes glaciares que cubrían la mayor parte de Europa y Asia en ese momento. Hoy en día, las islas de Japón tienen alrededor de 127 millones de habitantes, lo que convierte a esta nación en la décima más poblada del mundo. Japón tiene la tercera economía más grande del mundo, solo detrás de Estados Unidos y China.
Honshū, la isla más grande del país, representa el 61% de la masa terrestre y está ubicada en el centro de Japón, entre la isla de Hokkaido en el norte y las islas de Kyūshū y Shikoku en el sur. Más grande que la isla de Gran Bretaña, Honshū tiene 1,300 km (800 millas) de largo y varía de 50 a 230 km (31 a 143 millas) de ancho. Honshū es una isla montañosa y volcánica con una población de casi 100 millones, lo que la convierte en una de las islas más pobladas del mundo. La mayor parte de la población de la isla se encuentra en las tierras bajas disponibles, particularmente en la región de las llanuras de Kantō. Muchas de las ciudades más famosas de Japón se encuentran en la isla, incluidas Tokio, Yokohama, Osaka, Kioto, Kobe e Hiroshima.
Las dos islas principales de Japón al sur de Honshū son Kyūshū y Shikoku, que representan el 9% y el 5% de la superficie terrestre total de Japón, respectivamente. Kyūshū, ubicada al oeste, tiene una población de 13 millones, mientras que Shikoku tiene una población de 4 millones, lo que la convierte en la menos poblada de las islas de Japón. Al igual que Honshū, ambas islas son muy montañosas. Kyūshū es conocido por tener el volcán más activo de Japón, el monte. Aso (a 1,592 mo 5,223 pies), mientras que Shikoku es conocido por sus hermosos templos. Las ciudades más importantes de Kyūshū son Nagasaki y Kagoshima. La ciudad más grande de Shikoku es Matsuyama, con una población de medio millón.
La última de las principales islas japonesas es Hokkaidō, que representa el 22% de la superficie terrestre de Japón. Hokkaidō es la segunda isla más grande de Japón y una de las más rurales, con una población de solo 68 personas por kilómetro cuadrado, en contraste con la densidad de población de Honshū de 430 personas por kilómetro cuadrado. El entorno natural de Hokkaidō lo convierte en un destino de vacaciones popular entre los japoneses. La capital de Hokkaidō es Sapporo, reconocida en todo el mundo como el hogar de la cerveza Sapporo y la ciudad sede de los Juegos Olímpicos de Invierno de 1972. Como todas las demás islas de Japón, la mayor parte de la isla es montañosa y la mayor parte de la población se encuentra en las regiones de las tierras bajas del suroeste.