Las inyecciones de fiebre amarilla tienen efectos secundarios similares a otras vacunas. La mayoría de las personas con efectos secundarios sólo experimentan una leve molestia: el lugar de la inyección puede doler, magullar e hincharse; también puede haber una fiebre leve acompañada de dolor y escalofríos. Las pocas personas que tienen síntomas graves pueden experimentar dificultad para respirar, cambios de comportamiento, convulsiones, fiebre alta, latidos cardíacos irregulares, urticaria y otros síntomas que requieren tratamiento médico inmediato. Los efectos secundarios de las inyecciones de fiebre amarilla generalmente ocurren dentro de la primera hora después de que se administra la inyección, pero también pueden desarrollarse dentro de los 30 días posteriores a la inyección.
Los médicos vigilan con más atención los efectos secundarios en personas que nunca han recibido inyecciones de fiebre amarilla. Sin un historial de vacunación, es imposible saber cómo reaccionará una persona. Aquellos que han recibido la inyección y no experimentaron ningún efecto secundario, es muy poco probable que desarrollen efectos secundarios con las inyecciones recurrentes.
Muchas personas solo experimentan efectos leves después de una vacuna contra la fiebre amarilla, como dolor o rigidez en el lugar de la inyección. Una persona que está levemente adolorida también puede experimentar enrojecimiento, hematomas y quizás hinchazón en el lugar de la inyección. También puede aparecer una fiebre leve y de corta duración. Para tales síntomas, a menudo no es necesario el tratamiento médico; los síntomas deberían desaparecer con el tiempo. Si uno lo desea, puede tomar medicamentos de venta libre para ayudar a aliviar la fiebre y el dolor.
Aquellos que experimenten síntomas graves deben buscar tratamiento médico de inmediato. Los efectos secundarios graves de las inyecciones de fiebre amarilla generalmente se deben a reacciones alérgicas y pueden ser mortales. Por lo general, quienes sufren tales reacciones son alérgicos a los pollos, los huevos o la gelatina, todos ingredientes comunes en las vacunas.
Se recomienda a quienes padecen tales alergias que eviten viajar a partes de África y América del Sur, donde el virus de la fiebre amarilla es común. Si una persona con alergia al huevo o al pollo debe viajar a esas regiones, un médico aún puede recomendar una vacuna contra la fiebre amarilla si se cree que contraer el virus es más potencialmente mortal que una reacción alérgica a la inyección. Los médicos pueden administrar la vacuna en dosis más pequeñas con la esperanza de inducir una reacción alérgica menos grave.
Ciertos grupos demográficos tienen más probabilidades de sufrir efectos secundarios graves a las inyecciones de fiebre amarilla que otros. Como se mencionó, las personas con alergias a las aves de corral están en riesgo. También se aconseja a las mujeres embarazadas que no se vacunen, ya que puede dañar al feto. Aquellos con sistemas inmunológicos débiles y que han experimentado insuficiencia orgánica como resultado de una enfermedad grave también pueden desaconsejar la inyección. Los niños menores de nueve meses, y especialmente los menores de seis meses, se consideran especialmente vulnerables a los efectos secundarios negativos.