El término microscopio digital puede referirse a dos configuraciones diferentes. Puede ser un microscopio óptico con una cámara de video o una cámara digital adjunta o un microscopio con una cámara integrada. En cualquier caso, es capaz de generar la vista de lo que está en el escenario como una imagen digital y, en cualquier caso, la cámara puede denominarse cámara de microscopio digital. Una cámara de microscopio digital conectada a un microscopio óptico tiene la desventaja de que las lentes están diseñadas para el ojo humano, en lugar de la cámara, por lo que la imagen puede ser de menor calidad que la obtenida con un modelo integrado. Por otro lado, algunos modelos integrados no tienen ocular y dependen de la ampliación del monitor.
Una cámara de microscopio digital permite una serie de posibilidades que no están disponibles con un microscopio que no tiene una cámara de este tipo. Permite que las imágenes se almacenen para el mantenimiento de registros, se transmitan a través de Internet o se incorporen a documentos. Una imagen proyectada permite estudiar lejos del microscopio y compartir la imagen con otros, por ejemplo, un grupo de estudiantes o colegas, y la ampliación también puede conducir a una mejor comprensión de los datos. Con una cámara de video, se agrega la capacidad de grabar y compartir la vista de un fenómeno o experimento a lo largo del tiempo.
Hay microscopios ópticos monoculares y microscopios trinoculares que han sido diseñados para facilitar la conexión de una cámara de microscopio digital o una cámara de video. En el caso del microscopio monocular, la cámara digital encaja en un ocular. Con un microscopio trinocular, la cámara se conecta al tercer ocular, que está especialmente diseñado para este uso. Al agregar una cámara de microscopio digital a un microscopio, un adaptador de microscopio de montura C es el conector habitual.
El primer microscopio digital fue construido por Hirox® en 1986. USB y FireWire ahora permiten conexiones directas entre la cámara del microscopio digital y la computadora. Otras diferencias importantes en la configuración de microscopios digitales incluyen la calidad de la óptica, la disponibilidad de un ocular, la cantidad de megapíxeles que tiene la cámara, el software de imagen utilizado, si el microscopio está en un soporte o en la mano, y el costo .