Los ciruelos son susceptibles a bastantes plagas y enfermedades, y requieren un mantenimiento regular. Fertilizar los árboles frutales y rociarlos con fungicidas y pesticidas es necesario para promover un crecimiento fuerte y vigoroso. Algunas de las enfermedades más comunes del ciruelo causadas por infecciones fúngicas son el nudo negro, la pudrición parda, el mildiú polvoroso, la marchitez por verticillium, el cancro perenne y las bolsas de ciruela. Las enfermedades bacterianas que afectan a las ciruelas son la agalla de la corona, la mancha bacteriana y el agujero de bala. Las enfermedades del ciruelo como el virus de la viruela del ciruelo y la roya del ciruelo son causadas por plagas como los pulgones.
El nudo negro, causado por el hongo Dibotryon morbosum, hace que aparezcan nudos negros, largos y duros en las ramas del ciruelo y, a veces, en el tronco principal. El cancro perenne es una infección fúngica similar causada por los hongos Valsa cincta y V. leucostoma, y hace que aparezcan cancros ovalados en las ramas y el tronco. En ambos casos, los nudos y chancros eventualmente rodean el árbol y lo matan.
El hongo de la pudrición marrón crece en forma de mechones marrones en flores de ciruelo, frutos y ramas pequeñas, y hace que las flores se marchiten y los frutos se pudran. Gran parte de la destrucción de la fruta también se ve afectada por el hongo taphrina, que crea espacios huecos y agrandados conocidos como bolsas de ciruela en las frutas de ciruela. El hongo Podosphaera oxyacanthae causa mildiú polvoriento, un crecimiento de polvo blanco en la parte inferior de las hojas de ciruela que destruye las hojas y detiene el crecimiento del árbol. La marchitez por Verticillium, que es causada por el hongo Verticillium alboatrum, también frena el crecimiento de las plantas al hacer que las hojas se marchiten, la madera se decolore y las raíces se pudran.
La infección de la agalla de la corona, que es causada por la bacteria Agrobacterium tumefaciens, produce tumores corchosos en el tejido vegetal. Las otras dos enfermedades bacterianas del ciruelo, la mancha bacteriana y el agujero de bala, son causadas por las bacterias Xanthomonas pruni y Pseudomonas syringae. Aparecen manchas y agujeros en las hojas de ciruela, y las hojas se vuelven amarillas y se caen. La infección bacteriana también produce agujeros en los frutos en desarrollo, lo que hace que se pudran. Los pulgones transmiten el virus de la viruela de la ciruela y la roya de la ciruela. En el primer caso, la producción de frutos se ve afectada por la deformación o pudrición de las ciruelas en desarrollo y, en el segundo caso, las hojas de las ciruelas se vuelven plateadas, se enrollan y se marchitan.
Las infecciones por hongos se transmiten por el viento o el suelo, mientras que las infecciones bacterianas y virales pueden ser transmitidas por el suelo o por plagas. Para mitigar las enfermedades del ciruelo, ayudará evitar plantar un ciruelo en un área previamente afectada. Al cuidar un ciruelo que ya está infectado, será necesario podar y quemar las partes enfermas, y rociar el árbol con fungicidas, bactericidas y pesticidas. Es importante notar que los fungicidas actúan principalmente como preventivos y pueden no tener mucho efecto en árboles severamente infectados.