Las primeras supercomputadoras utilizaron el concepto básico de programación electrónica y transacciones numéricas para procesar información. Usando una técnica de procesamiento escalar, los primeros diseños eran muy simples para los estándares modernos. Cada computadora pudo procesar solo un elemento de datos a la vez, utilizando el concepto de tipos de datos integrales o números de punto flotante. Los tipos de datos integrales dentro de la metodología de la informática representan un subconjunto finito de números enteros matemáticos para formar un proceso. El método de coma flotante es un sistema en el que una cadena de bits representa un número racional.
Sin embargo, algunas de las otras primeras supercomputadoras utilizaron procesadores vectoriales para realizar el procesamiento de sus datos. Este nuevo diseño de unidad central de procesamiento (CPU) permitió a los usuarios realizar operaciones de múltiples ecuaciones matemáticas simultáneamente. Básicamente, pudo implementar el método de procesamiento escalar en un nivel mucho más elaborado. Esta técnica estuvo muy adaptada a la informática científica a lo largo de la década de 1980, pero desapareció con la llegada de mejores CPU y procesamiento paralelo. El procesamiento paralelo, que utiliza miles de CPU, se convirtió en la base de las supercomputadoras modernas.
Aunque las computadoras del tamaño de una habitación existían desde la década de 1940, no fue hasta la década de 1960 que los investigadores comenzaron a utilizar completamente el concepto de diseño para desarrollar las primeras supercomputadoras. El científico principal que desarrolló las primeras supercomputadoras fue Seymour Cray en Control Data Corporation. Después de construir varios diseños, dejó la empresa en 1980 para establecer Cray Research, una empresa de diseño independiente. Sus diseños para supercomputadoras controlaron el mercado durante varios años antes del colapso masivo del mercado de supercomputadoras en la década de 1990 y su muerte en 1996.
Considerada la primera supercomputadora, el sistema Cray-1 ™ se instaló en 1976 en el Laboratorio Nacional de Los Alamos. En ese momento, su velocidad tenía el récord mundial de 160 millones de operaciones por segundo, también conocido como megaflops. Contenía solo 8 megabytes de memoria. Sin embargo, uno de los principales avances que hizo que la computadora fuera duradera y poderosa fue su diseño, que utilizaba cables de no más de cuatro pies (1.22 m) de longitud. Además, el sistema de refrigeración utiliza freón, lo que evita el sobrecalentamiento.
Poco tiempo después, el Centro Europeo de Pronósticos Meteorológicos a Medio Plazo (ECMWF) obtuvo la supercomputadora de próxima generación, la Cray 1-A ™. Se equipó con un sistema que permitía procesar un pronóstico de 10 días en cinco horas. Antes de esta supercomputadora, el sistema utilizado por el ECMWF tardaba 12 días en procesar la misma duración del pronóstico. Con esta instalación, la era de la supercomputadora como herramienta principal echó raíces por primera vez, cambiando el mundo para siempre.