Si bien un rootkit y un virus son tipos de software malicioso o malware, generalmente se usan para lograr diferentes propósitos en un ataque informático. Por lo general, un rootkit se instala en un sistema informático para permitir que un usuario no autorizado continúe obteniendo acceso a ese sistema o para ocultar la presencia y actividades de otros tipos de malware. Los virus, por otro lado, son tipos de malware que generalmente están diseñados para atacar un sistema informático de una manera muy específica y para lograr un objetivo en particular.
A pesar de que un rootkit y un virus son ambas formas de malware, se utilizan para realizar diferentes tareas. Un rootkit es un programa malicioso que se puede instalar en una computadora, en varios niveles dentro del sistema operativo (SO), y luego enmascarar otras actividades. Este tipo de programa normalmente infecta la «raíz» del sistema operativo en una computadora, de ahí el nombre, lo que permite que ocurran otras actividades con ese sistema que luego quedan ocultas por el rootkit. Un rootkit se usa a menudo para crear un punto de entrada de puerta trasera en un sistema informático para que un usuario no autorizado lo use para obtener acceso a ese sistema en el futuro o se puede usar para ocultar una infección por un virus u otro tipo de malware.
La principal diferencia entre un rootkit y un virus es que, por lo general, un virus no funciona para ocultar las actividades de otros programas o para permitir el acceso a un sistema. Por lo general, un virus se desarrolla para lograr un cierto efecto, a menudo mediante el lanzamiento de un ataque a un sistema informático en particular. Aunque un virus puede permanecer bastante inactivo en un sistema informático y permanecer oculto, hasta que un evento en particular active el virus, generalmente se creará para lanzar un ataque muy específico en el sistema que infecta.
También hay algunas diferencias importantes en cómo se pueden eliminar un rootkit y un virus de un sistema informático o SO. Los virus a menudo se pueden encontrar y eliminar a través del usuario de un programa antivirus, aunque los virus muy nuevos pueden eludir la detección durante algún tiempo. Un rootkit, sin embargo, puede ser muy difícil de encontrar, por lo general implica procedimientos de seguridad muy elaborados y casi imposible de eliminar. Es posible que sea necesario borrar completamente el disco duro de una computadora y reinstalar el sistema operativo para eliminar un rootkit de una computadora. Sin embargo, en última instancia, tanto un rootkit como un virus pueden ser muy destructivos para una computadora y todos los usuarios de computadoras deben hacer esfuerzos para evitar cualquier tipo de malware.