Existem poucos perigos em manter ratos de estimação, mas apenas se esses ratos forem domesticados e mantidos em gaiolas. Os ratos que já foram selvagens podem ser portadores de várias doenças que podem ser transmitidas aos humanos. Quando os animais nunca viveram na natureza, os perigos de contrair uma doença deles são quase erradicados. Mesmo assim, os humanos não devem lidar com roedores que possam ter uma doença se houver risco de transmissão.
Embora os ratos possam ser portadores de muitas doenças diferentes, os animais de estimação raramente têm como contraí-las. As doenças podem ser transmitidas por meio de mordidas e arranhões e, ocasionalmente, pelo contato com a pele. É possível que um rato seja portador de uma doença perigosa para os humanos sem apresentar quaisquer sintomas, tornando difícil avaliar se o animal é seguro para manusear. A melhor maneira de o dono de um animal de estimação evitar a doença é manter seus ratos saudáveis e limpos.
Ratos que correm livremente em uma casa são muito mais perigosos do que aqueles mantidos em gaiolas. As doenças podem ser transmitidas pela urina e pelas fezes de ratos, que muitas vezes deixam cair onde quer que andem. Além disso, como os ratos podem obter urina e fezes em seus pés, é possível que uma pessoa adoeça por manusear um deles e tocar seu rosto ou comida sem lavar as mãos.
Além das doenças, os perigos de manter ratos de estimação são semelhantes aos de manter outros animais de estimação. Os ratos podem morder ou arranhar e podem ser agressivos se manuseados ou criados de forma inadequada. A maioria é relativamente pequena, o que significa que a capacidade de um rato de ferir um humano é provavelmente menor do que a de um cachorro. Mesmo assim, as picadas podem ser dolorosas e podem infeccionar seriamente, por isso não é uma boa ideia tocar ou manusear um rato a menos que seja familiar.
A maioria das preocupações sobre os perigos de manter ratos como animais de estimação está relacionada à história de ratos selvagens espalhando doenças, não a ratos domesticados. Não só os domesticados têm pouca probabilidade de espalhar doenças, mas sua dieta e comportamento natural podem até torná-los mais seguros do que animais como cães e gatos. Mesmo assim, um rato que pareça doente ou que tenha estado solto por algum tempo deve ser inspecionado por um veterinário. Quando disseminam doenças, essas doenças tendem a ser graves e nem sempre são fáceis de diagnosticar, pois costumam ser raras.