Os chakras são pontos dentro e sobre o corpo humano que têm sido tradicionalmente associados a vários aspectos da energia e das forças vitais. Cada um dos sete chakras é considerado como estando ligado a uma determinada cor e, por sua vez, a certos tipos de pedras preciosas de chakra que são determinadas pela cor do ponto focal. Acredita-se que a aplicação das pedras preciosas nas partes apropriadas do corpo ajude a alinhar os chakras do indivíduo com o mundo exterior; como essas escolhas de gemas são baseadas principalmente na cor, uma grande variedade é aceita como acurada.
O chakra raiz está associado à coluna vertebral e à área ao redor da parte inferior das costas e é representado por vermelho. Portanto, todas as pedras preciosas do chakra associadas a este ponto focal são vermelhas. Alguns dos mais comumente vistos são o rubi, o jaspe vermelho e a granada, embora também possam ser usadas pedras rosa, como a rodocrosita e o quartzo rosa. Acima dele está o chakra associado à laranja e aos órgãos reprodutivos e às entranhas. Os quartzo de cornalina, opala de fogo, âmbar e tangerina estão todos associados a este chakra sacral.
Localizado no plexo solar está o terceiro chakra, o manipura. Gemas do chakra amarelo, como topázio, citrino e âmbar, são usadas para curar aflições centradas neste chakra. Localizado logo acima dele no corpo, o chakra do coração, ou anahata, talvez esteja surpreendentemente associado ao verde. Existem várias pedras verdes usadas em conjunto com o chakra do coração, incluindo esmeralda, malaquita, jade, quartzo verde e crisoprase. O chakra da garganta é azul, e pedras como lápis-lazúli e safiras são comumente usadas em conjunto com ele.
O chakra do terceiro olho, localizado na testa, é índigo e comumente associado a safiras, azurita e ametista. O chakra final, a coroa, é considerado intimamente ligado à cor roxa. As pedras são semelhantes às usadas com o chakra do terceiro olho, embora a tonalidade das pedras preciosas do chakra seja importante. Pedras roxas mais escuras, como a obsidiana, são um reflexo da tristeza, enquanto as pedras roxas claras, como a ametista, podem representar o amor do indivíduo por seus semelhantes.
As diferentes gemas do chakra são usadas para finalidades diferentes. As pedras índigo associadas ao chakra do terceiro olho podem ser usadas para aumentar a profundidade da meditação, enquanto o uso das pedras amarelas no plexo solar ajuda o indivíduo a organizar os pensamentos e focar a mente. Como a cor da pedra é o mais importante, a escolha das pedras pode ser adaptada às necessidades e gostos de cada pessoa.