In den meisten Fällen zahlen Arbeitgeber in den Vereinigten Staaten Lohnsteuern an den Internal Revenue Service durch eine vom Arbeitgeber initiierte elektronische Geldüberweisung (EFT) oder im Namen des Arbeitgebers durch einen Dritten, wie z. B. eine Wirtschaftsprüfungsgesellschaft oder einen Gehaltsabrechnungsdienst . Sie müssen innerhalb einer bestimmten Zeit nach der Ausstellung der Gehaltsabrechnung, basierend auf ihrer Größe, gemäß den vom IRS veröffentlichten Zeitplänen gezahlt werden. Es werden erhebliche Strafen verhängt, wenn Lohnsteuern zu spät oder gar nicht gezahlt werden. Die Zahlung der staatlichen Lohnsteuerschulden erfolgt auf unterschiedliche Weise und wird von der Steuerbehörde jedes Staates festgelegt.
Das EFT-System wurde Anfang 2011 für die meisten Arbeitgeber eingeführt; kleinere Arbeitgeber haben die Möglichkeit, bei der Abgabe ihrer Steuererklärung einige Beträge vierteljährlich oder jährlich zu zahlen. Sobald dies möglich ist, nachdem die Gehaltsabrechnung ausgestellt wurde, jedoch innerhalb des vom IRS festgelegten Zeitrahmens, richtet der Arbeitgeber die Zahlung online ein und gibt das Datum an, an dem der IRS das Geld vom Konto des Zahlers überweisen soll. Beim Einrichten des EFT werden nur zusammenfassende Informationen eingegeben; die Detaildaten zur Zuordnung der Zahlungen werden mit dem Quartalsbericht des Arbeitgebers hinterlegt, der auch etwaige Differenzen ausgleicht. Wenn der Quartalsbericht zeigt, dass zusätzliche Steuern anfallen, können diese normalerweise mit einem Papierscheck bezahlt werden, der dem Bericht bei der Einreichung beiliegt.
Obwohl es riskant erscheinen mag, Steuereinzahlungen getrennt von der Einreichung der Berichte vorzunehmen, die diese Zahlungen den einzelnen Steuerzahlern zuordnen, hat das System in den Vereinigten Staaten gut funktioniert, mit einem gründlichen System zur Bilanzierung und Korrektur von Fehlern. So zahlen die meisten Arbeitgeber Lohnsteuern innerhalb weniger Tage nach dem Datum der Lohnabrechnung und erstellen vierteljährlich Berichte über die eingezahlten Beträge. Dieses System stellt sicher, dass die Steuerschulden nach ihrer Entstehung so schnell wie möglich erfüllt werden, und gibt den Arbeitgebern gleichzeitig die Zeit, die erläuternden Berichte zu erstellen.
Die Lohnsteuern in den Vereinigten Staaten werden sowohl aus dem Gehalt der Arbeitnehmer als auch aus den Mitteln der Arbeitgeber erhoben. Das vom Einkommen der Mitarbeiter einbehaltene Geld wird für Einkommensteuerverpflichtungen und Versicherungsprämien für Sozialversicherungen, Medicare und staatliche oder lokale Versicherungsprogramme wie Invalidität oder Arbeitslosigkeit verwendet. Arbeitgeber müssen die Sozialversicherungs- und Krankenversicherungsbeiträge ihrer Mitarbeiter ausgleichen und müssen außerdem bundesstaatliche und staatliche Arbeitslosenversicherungsprämien und in einigen Fällen staatliche Invalidenversicherungsprämien zahlen.
Bei Arbeitnehmern wird der Einkommensteuerabzug für einzelne Arbeitnehmer separat berechnet, basierend auf ihrem tatsächlichen Einkommen und den Angaben auf ihren W4-Formularen. Die Prämie für die Sozialversicherung beträgt 6.20 % des Bruttoeinkommens des Arbeitnehmers, bis das Jahreseinkommen eine vom Kongress festgelegte Obergrenze erreicht hat, die 106,800 2010 US-Dollar betrug. Die Prämie für Medicare beträgt 1.45% des gesamten Einkommens.
Die Berechnung der Arbeitgeberbeiträge kann komplex sein, da sie Obergrenzen für die steuerpflichtigen Beträge und Bundesgutschriften für Zahlungen für die staatliche Arbeitslosensteuer beinhaltet. Die meisten Gehaltsabrechnungsdienste und Unternehmens-Gehaltsabrechnungssoftware führen diese Berechnungen durch. Alle Beträge werden zusammengerechnet, wenn Arbeitgeber Lohnsteuern zahlen, mit Ausnahme der Arbeitslosenversicherungssteuern, die jedes Mal vierteljährlich gezahlt werden, wenn die Gesamtverbindlichkeit 500 USD erreicht oder überschreitet.