Obwohl die Haut viele verschiedene mikrobielle Arten beheimatet, ist sie für die meisten Mikroorganismen aufgrund ihrer Trockenheit und relativen Salzigkeit nicht der gastfreundlichste Ort. Ein Hautabstrich ist eine Möglichkeit, die auf der Haut lebenden Mikroben zu testen. Da Ärzte in der Regel nur an Bakterien, Viren oder Pilzen interessiert sind, die eine Infektion verursachen, werden bei einem Patienten normalerweise keine gesunden Hautabstriche, sondern nur die infizierten Bereiche durchgeführt. In bestimmten Situationen, beispielsweise wenn die Leitung einer Gesundheitseinrichtung das Vorhandensein gefährlicher Krankheitserreger feststellen möchte, kann gesunde Haut abgewischt werden. Diese Form der Analyse ist auch für Forscher der mikrobiellen Ökologie und Krankheitsübertragung wichtig.
Tupfer zur Verwendung in der Mikrobiologie sind typischerweise völlig sterile Materialstückchen. Das Material der Tupfer kann sich am Ende eines langen Griffs befinden, damit der Arzt sie festhalten kann. Es gibt verschiedene Arten von Tupfern, die jedoch alle die gleiche Funktion erfüllen, nämlich über eine Oberfläche zu reiben, um interessierende biologische Substanzen zu entfernen. Tupfer für die Haut dienen typischerweise zum Aufnehmen von Mikroben, während einige andere Arten von Tupfern, wie zum Beispiel Zervixabstriche, dazu bestimmt sind, Zellen vom Patienten zu sammeln.
Wenn ein Patient eine Infektion auf der Haut hat, können die Abstriche, die ein Arzt zur Probenahme der Infektion verwenden kann, unter die Definition eines Hautabstrichs fallen. Typischerweise entnimmt der Arzt die Probe aus dem infizierten Bereich, wie dem Abszess, und nicht von der nicht betroffenen umgebenden Haut. Die Entnahme von Eiter oder Flüssigkeit aus einem infizierten Bereich ist jedoch im Allgemeinen nützlicher als ein Abstrich. Es wird derzeit daran geforscht, einen Hautabstrich zur Diagnose bestimmter Arten von Infektionskrankheiten wie Chlamydien anstelle von invasiveren Abstrichtests zu verwenden.
Bestimmte gefährliche Krankheitserreger können sich auf der Haut einiger Menschen harmlos ausbreiten, stellen aber bei einer Übertragung eine Gefahr für andere dar. Ein Beispiel ist Methicillin-resistenter Staphylococcus Aureus (MRSA), der eng mit der normalen Hautflora verwandt ist, sich jedoch als sehr resistent gegen Antibiotika entwickelt hat. Dies macht eine Ansteckung mit dem Bakterium besonders für bereits Erkrankte oder mit offenen Wunden sehr riskant.
MRSA können auf der Haut von gesunden oder kranken Menschen in Krankenhäuser gelangen und sich dort etablieren. Wenn das Personal einer Gesundheitseinrichtung den Verdacht hat, dass MRSA vorhanden sein könnte, können sie bei den Patienten einen Hautabstrichtest durchführen, um herauszufinden, wer, wenn überhaupt, das Bakterium trägt. Zu den bevorzugten Stellen am Körper für das Bakterium gehören die Nasenseiten, die Bereiche unter den Armen und die Haut insgesamt.
Wissenschaftler, die die natürlichen Lebensräume von Mikroben untersuchen, interessieren sich auch für die Ergebnisse von Hautabstrichen. Diese repräsentieren die Population von Mikroben, die natürlich auf der Haut leben können. Unterschiede im Bevölkerungsprofil im Laufe der Zeit können den Wissenschaftlern auch sagen, welche Mikroben dort langfristig leben und welche die Haut als vorübergehendes Zuhause nutzen, bevor sie weiterziehen.