Wie bei allen Lebensmitteln, die im Wesentlichen aus reinem Fett bestehen, sind mit Margarine immer noch gesundheitliche Probleme verbunden, insbesondere wenn sie in großen Mengen verzehrt wird. Eines der größten potenziellen Probleme ist das erhöhte Risiko für Herzerkrankungen. Viele Arten enthalten einen hohen Anteil an gesättigten Fetten und gefährlichen Transfetten, von denen bekannt ist, dass sie den Spiegel des nützlichen High-Density-Lipoprotein (HDL)-Cholesterins senken und den Spiegel des schädlichen Typs, bekannt als Low-Density-Lipoprotein (LDL), erhöhen.
Als Butter aufgrund ihres hohen Gehalts an gesättigten Fettsäuren und Cholesterin mit Gesundheitsrisiken wie Herzerkrankungen in Verbindung gebracht wurde, suchten viele Menschen nach einer Alternative. Oft würden Menschen auf Margarine umsteigen, die oft kein Cholesterin und zumindest einen niedrigeren Gehalt an gesättigten Fettsäuren als Butter hat und häufig weniger Kalorien hat. Der Grund, warum es kein Cholesterin gibt, liegt darin, dass Margarine aus verfestigtem Pflanzenfett und nicht aus tierischen Quellen hergestellt wird. Im Laufe der Zeit bemerkten Gesundheitsexperten gesundheitliche Probleme wie das erhöhte Risiko, an Herzerkrankungen zu erkranken bei Personen, die auch Margarine konsumierten.
Forscher haben herausgefunden, dass das mit Margarine verbundene Risiko von Herzerkrankungen auf das Vorhandensein von Transfettsäuren, auch Transfette genannt, zurückzuführen ist. Diese Substanzen werden beim Verfestigen des Pflanzenöls gebildet und wurden mit mehreren Gesundheitsproblemen in Verbindung gebracht. Feste Sticks haben viel mehr Transfette als weichere Brotaufstriche. Es wurde gezeigt, dass Transfette einen negativen Einfluss auf den Cholesterinspiegel haben, ein wichtiger Indikator für Herzerkrankungen, obwohl Margarine tatsächlich kein Cholesterin enthält. Die Transfette senken den Spiegel des guten HDL-Cholesterins und erhöhen die Menge des schädlichen LDL-Cholesterins im Körper.
Ein weiterer Faktor, der zum mit Margarine verbundenen Herzkrankheitsrisiko beiträgt, ist die Menge an gesättigtem Fett, die in vielen Marken enthalten ist. Obwohl weniger gesättigte Fettsäuren als Butter enthalten sind, können in einigen Margarineprodukten hohe Gehalte vorhanden sein. Die Mengen dieser ungesunden Stoffe können je nach Hersteller stark variieren. In der Regel ist es für Verbraucher eine gute Idee, nach Produkten mit niedrigem Gehalt an gesättigten Fettsäuren zu suchen und daran zu denken, diese in Maßen zu verwenden.
Viele Hersteller haben ihren Produkten so viel Transfett wie möglich entzogen und viele Margarinesorten werden mittlerweile auch mit ungesättigten Fetten wie Oliven- oder Rapsöl hergestellt. Produkte mit reduzierten gesättigten Fettsäuren und ohne Transfette sind weniger schädlich als andere, sollten aber dennoch nur in Maßen konsumiert werden. Der Verzehr großer Mengen fetthaltiger Lebensmittel erhöht wahrscheinlich das Risiko, an Herzerkrankungen zu erkranken, aber die Begrenzung des Verzehrs auf kleine Mengen ungesättigter Fettsäuren verringert dieses Risiko.