Bei der Intubation sind verschiedene Komplikationen möglich. Wenn Patienten dringend Hilfe beim Atmen benötigen, werden sie typischerweise intubiert, indem ein Beatmungsschlauch in den Mund eingeführt wird, der dann in die Luftröhre eingeführt wird; dieser Tubus wird oft als Endotrachealtubus bezeichnet. Nach der Intubation kann ein Beatmungsgerät Luft in die und aus der Lunge pumpen. Beim Einführen können Komplikationen bei der Intubation auftreten, da die Sonde entweder die Atemwege oder den Magen-Darm-Trakt schädigen könnte. Patienten, die intubiert werden, haben ein erhöhtes Risiko für Infektionen wie Lungenentzündung und Sinusitis, und eine langfristige Atemunterstützung mit einem Endotrachealtubus kann zu Schäden an den Atemwegen führen, die das zukünftige Atmen erschweren.
Das Einführen des Schlauchs selbst kann dem Patienten, der sich diesem Verfahren unterzieht, gelegentlich schaden. In seltenen Fällen kann der Schlauch die Stimmbänder beschädigen, was zu Problemen beim Sprechen führt, nachdem der Patient vom Beatmungsgerät entfernt wurde. In anderen Fällen kann der Schlauch in die Speiseröhre statt in die Luftröhre gelangen, was zu Rissen in der Speiseröhre führt. Dies kann zu Blutungen im Magen-Darm-Trakt führen und auch nach Entfernen des Beatmungsschlauchs zu Schluckbeschwerden führen.
Mit der Zeit und bei unsachgemäßer Pflege der intubierten Patienten kann es zu einer Lungenentzündung (Pneumonie) kommen. Oft wird dieser Zustand, der eine der Komplikationen der Intubation ist, als beatmungsassoziierte Pneumonie bezeichnet. Diese Art der Infektion entsteht, weil die Lunge von intubierten Patienten im Vergleich zu normal atmenden Patienten weniger geschützt ist, da Luft direkt in die Lunge gepumpt wird. Diese Infektionen sind oft schwer zu behandeln, da sie durch resistente Bakterien im Krankenhaus verursacht werden.
Eine weitere infektiöse Komplikationen der Intubation ist die Sinusitis, ein Zustand, der durch Entzündungen und Reizungen der Nebenhöhlen gekennzeichnet ist. Diese Nebenwirkung tritt auf, weil die Drainage der Nebenhöhlen durch das Vorhandensein des Endotrachealtubus oft beeinträchtigt wird. Patienten können Symptome dieser Infektion haben oder nicht. Es ist jedoch klinisch wichtig, da eine Infektion der Nebenhöhlen Fieber verursachen kann. Bildgebende Untersuchungen wie Computertomographie (CT) werden durchgeführt, um eine Sinusitis zu identifizieren.
Bei Patienten, die über einen längeren Zeitraum an einem Beatmungsgerät bleiben müssen, können andere Komplikationen der Intubation auftreten. Das Vorhandensein eines Plastikschlauchs vom Mund bis zur Lunge kann den die Atemwege unterstützenden Knorpel schädigen und seine strukturelle Integrität verringern. Verschiedene Teile der Atemwege, einschließlich der Luftröhre, können sich aufgrund des Vorhandenseins des Tubus verengen. Als Folge davon können die Patienten Keuchen und Kurzatmigkeit entwickeln. Aus diesem Grund werden Patienten, die voraussichtlich länger als eine Woche Hilfe beim Atmen benötigen, häufig von einer Intubation durch den Mund auf eine Intubation durch die Luftröhre umgestellt.