Mikrofauna sind Kleintiere und Einzeller, die nur unter dem Mikroskop sichtbar sind. Normalerweise werden sie als Lebewesen mit einer Größe von weniger als 0.1 mm (100 Mikrometer) definiert, mit Mesofauna als Organismen zwischen 0.1 mm und 2 mm Größe, obwohl die Definitionen variieren können.
Im Boden kommt Mikrofauna in großer Zahl vor – in der Regel mehrere Tausend pro Gramm. Jeder kann ein bisschen nasse Erde nehmen, unter ein Mikroskop legen und diese Organismen finden. Einige der häufigsten und wichtigsten Beispiele sind Protozoen (einzellige Eukaryoten), Milben (unter den vielfältigsten und erfolgreichsten aller Tiere), Springschwänze (mit Insekten verwandt), Nematoden (transparente wurmartige Kreaturen), Rädertierchen (benannt nach ihrem radartigen bewimperte Mundwerkzeuge) und Bärtierchen, auch bekannt als „Wasserbären“, einer der widerstandsfähigsten Organismen in der Natur. Mikrofauna ist weltweit zu finden, überall dort, wo es nasse Böden gibt, und auch an einigen anderen Orten. Springschwänze wurden in den McMurdo Dry Valleys der Antarktis gefunden, einem der kältesten und trockensten Orte der Erde.
Die Mikrofauna wird von Mikroflora begleitet, zu der Algen, Bakterien, Pilze und Hefen gehören, die fast jede organische Substanz verdauen können, und einige anorganische Substanzen wie TNT und synthetischer Kautschuk.
Größere Tiere, die auch im Boden vorkommen, werden als Mesofauna bezeichnet, wie Regenwürmer, Arthropoden und große Nematoden, und die Makrofauna, zu der sich grabende Säugetiere wie Maulwürfe und Kaninchen zählen. Die Mikrofauna ist aufgrund ihrer geringen Größe und großen Vielfalt am wenigsten über das Bodenleben bekannt. Viele sind Mitglieder der sogenannten „Kryptozoen“, Tiere, die von der Wissenschaft unbeschrieben bleiben. Von den geschätzten 10-20 Millionen Tierarten der Welt haben nur 1.8 Millionen wissenschaftliche Namen erhalten, und viele der verbleibenden Millionen gehören wahrscheinlich zu dieser Gruppe, viele davon in den Tropen.
Mikrofauna lebt in winzigen Poren zwischen Bodenkörnern, und viele sind Wassertiere. Einige sind sitzend, das heißt, sie haften ihr ganzes Leben lang an einem Substrat und bewegen sich nie. Diese Tiere befruchten ihre Partner, indem sie bewimperte Spermien freisetzen, während sie selbst an Ort und Stelle bleiben. Sie können auch auf dem menschlichen Körper gefunden werden, und das durchschnittliche menschliche Zuhause hat Tausende von Milben, die ihren Lebensunterhalt durch die Verdauung abgestorbener Hautzellen verdienen.