Entgegen der landläufigen Meinung ist der größte Teil des Meeresbodens, der als „offener Ozean“ bekannt ist, kein wirklicher Lebensraum für Tiere, sondern nur ein Ort, an dem sie auf dem Weg zu einem anderen Ort vorbeikommen. In den meisten Teilen der Welt ist der Meeresboden mit einer durchschnittlichen Tiefe von 3,790 Metern (12,430 Fuß) sehr tief. Fast die Hälfte des Meeresbodens der Welt ist über 3,000 Meter tief. Insgesamt macht der Tiefseeboden etwa 9,800 % der Weltmeere aus, während Flachwasser wie die Festlandsockel 71 % ausmachen.
Die Tierwelt auf dem Meeresboden ist sehr unterschiedlich, je nachdem, ob es sich um den Festlandsockel oder die Tiefsee handelt. Auf den Kontinentalschelfs findet man die größte Artenvielfalt. Hier leben viele Pflanzen und Tiere: Kelpwälder, Algen, Haie, Fische, Krebstiere, Brachiopoden, Muscheln, Schwämme, Nesseltiere (Quallen und Verwandte), Stachelhäuter (Seesterne, Seeigel und Verwandte), Wale (Wale, Delfine) , Schweinswale) und viele mehr. Von 38 Tierstämmen haben alle außer einem – den Samtwürmern – eine Meeresversion. Deshalb ist das Gebiet der Meeresbiologie so groß.
Obwohl die Kontinentalschelfs technisch der „Meeresboden“ sind, bezieht sich das Wort manchmal, wenn es verwendet wird, speziell auf die Tiefsee. Die Tiefsee ist größtenteils menschenleer, da die aphotische (ohne Licht) Zone des Ozeans in einer Tiefe von 0.9 km (15,000 Fuß) beginnt und sich bis zum Grund fortsetzt. Da Regionen ohne Licht keine photosynthetischen Pflanzen oder Bakterien unterstützen können, hängt das Ökosystem in der aphotischen Zone hauptsächlich von organischem Detritus ab, der von oben fällt. Viele Tiere in der aphotischen Zone sind in der Lage, ihr eigenes Licht zu erzeugen, das als Biolumineszenz bezeichnet wird.
Ganz unten in der Tiefsee – einem Gebiet, das die Menschheit weniger als 1 % erforscht hat – bilden sich die wichtigsten Ökosysteme um Seamounts herum, in denen sich Tiere versammeln, und Rift Valleys, in denen geologische Aktivitäten Wärme und Chemikalien liefern können ein Mini-Ökosystem. Zwei berühmte Ökosysteme am Meeresboden sind solche, die um hydrothermale Quellen und kalte Quellen herum aufgebaut sind. Keines dieser Ökosysteme ist von der Sonne als Energiequelle abhängig. Die Produzenten dieser Ökosysteme sind chemotrophe Bakterien, die anorganische Chemikalien zu Energie oxidieren.
Das am häufigsten vorkommende Tier auf dem Meeresboden sind wahrscheinlich Nematoden, auch bekannt als Plattwürmer. Diese sind im Durchschnitt etwa 1 mm groß und befinden sich in den tiefsten Meeresgräben, wo der Druck über tausend Atmosphären beträgt. Auch Stachelhäuter (Seesterne und Verwandte) kommen in der Tiefsee vor, ebenso Fische wie Seezunge und Flunder. Am Grund des Marianengrabens, dem tiefsten ozeanischen Graben der Welt, sollen sich Garnelen aufgehalten haben. Eine bizarre Kreatur, die auf dem Meeresboden zu finden ist, ist der riesige Isopode, der ein ähnliches Aussehen wie eine Waldlaus hat, aber etwa einen Fuß groß sein kann.