Wie viele andere Arzneimittel haben Antibiotika eine nachweislich positive Wirkung und helfen, bakterielle Infektionen abzuwehren, die einst schwer zu behandeln waren. Es wächst jedoch die Besorgnis, dass der übermäßige Einsatz von Antibiotika zu gefährlichen antibiotikaresistenten Bakterienstämmen geführt hat. Eine weitere wichtige Quelle für Kontroversen war der Einsatz von Antibiotika durch die Lebensmittelindustrie, um die Viehzucht zu stärken und die Produktion zu steigern, was zu Bedenken hinsichtlich nachteiliger Auswirkungen auf die Gesundheit von Mensch und Tier geführt hat. Wie alle medizinischen Behandlungen können Antibiotika negative Nebenwirkungen haben, die aus einer allergischen Reaktion, aus Missbrauch oder aus der versehentlichen Abtötung von guten Bakterien neben schlechten resultieren können. Während die Menschheit mehr über ihre Vor- und Nachteile erfährt, lernen die Gesellschaft und die medizinische Gemeinschaft, den Einsatz von Antibiotika-Behandlungen so zu gestalten, dass sie die gesündeste Wirkung haben.
Die Entdeckung von Antibiotika im 20. Jahrhundert war ein Wendepunkt für die Gesellschaft und die medizinische Gemeinschaft, ebenso wie die Entdeckung von Impfungen. Während Impfungen tödliche Viruserkrankungen wie Polio, Grippe und Sehnenscheidenentzündungen besiegten, denen die Menschen kaum widerstehen konnten, boten Antibiotika eine Möglichkeit, schlechte Bakterien abzutöten, die früher schwächende und potenziell tödliche Infektionen wie Tuberkulose, Meningitis und Lungenentzündung verursachten. Die Sterblichkeitsraten aufgrund bakterieller Infektionen gingen deutlich zurück und die Bevölkerung wuchs gesünder. Als die Ärzte jedoch dazu übergingen, zur Behandlung von Krankheiten Rekordmengen an Antibiotika zu verschreiben, wurde klar, dass ihre übermäßige Verwendung auch Nachteile haben kann.
Als Antibiotika immer beliebter wurden, wurden sie von den Patienten als fester Bestandteil ihres Lebens angesehen und Ärzte verschrieben sie in Rekordmengen. Dies führte zu einem unvorhergesehenen Problem: Bestimmte Bakterien begannen sich zu entwickeln und Immunitäten gegen eine Antibiotikabehandlung zu entwickeln. Die Fähigkeit von Bakterien, als Reaktion auf eine Behandlung zu mutieren, wird als Antibiotikaresistenz bezeichnet. Krankheiten, die einst durch Antibiotika endgültig ausgeknockt schienen, erlebten ein Wiederaufleben. Es war nicht so, dass Antibiotika plötzlich wirkungslos waren, aber ein Teil ihrer Wirksamkeit war verloren gegangen. Dies war nicht nur eine Folge von Überbeanspruchung und Überdosierung, sondern auch von Missbrauch. Die Gesellschaft sah bis zu einem gewissen Grad Antibiotika als Verband für alles, sogar für Viruserkrankungen, die sie nicht behandeln konnte. Aus diesem Grund fördert die heutige medizinische Gesellschaft den Einsatz von Antibiotika nur dann, wenn dies unbedingt erforderlich ist, in der Hoffnung, dass die Behandlungen wirksam bleiben.
Auch der Einsatz von Antibiotika durch die Lebensmittelindustrie hat Anlass zur Sorge gegeben. Die Agrargesellschaft begann mit der Verwendung von Antibiotika bei Tieren aus dem gleichen Grund, aus dem die Menschen sie verwenden: um bakterielle Krankheiten zu behandeln. Im Laufe der Zeit wurde jedoch klar, dass Antibiotika bei Tieren eine Gewichtszunahme verursachen können. Bei Kühen beispielsweise bedeutete das Mehrgewicht für einige Viehzüchter und Landwirte erhebliche Gewinne. Untersuchungen haben gezeigt, dass der übermäßige Gebrauch von Antibiotika bei Tieren zu Superbakterien oder antibiotikaresistenten Bakterien geführt hat, die vom Menschen beim Verzehr von Fleisch aufgenommen werden könnten. In diesem Fall ist eine ernährungsbedingte Krankheit bei einer Person möglicherweise nicht mit Antibiotika behandelbar. Besorgniserregend sind auch die negativen Auswirkungen auf die Gesundheit von Tieren. Angesehene medizinische Stimmen wie die Weltgesundheitsorganisation (WHO) haben die Gesellschaft aufgefordert, die Risiken von Antibiotika bei Tieren zu berücksichtigen und ihren Einsatz einzuschränken.