Der durchschnittliche erwachsene menschliche Körper hat etwa 1013 Zellen, etwa 1600-mal mehr als die Anzahl der Menschen auf der Erde. Es wird geschätzt, dass auf jede Zelle des menschlichen Körpers etwa zehn Mikroorganismen, meist Bakterien im Dickdarm, kommen. Dies ist möglich, weil das Volumen einer typischen Bakterienzelle mehr als 1000-mal kleiner sein kann als das einer Körperzelle.
Neben der bakteriellen Körperflora wird jeder auch von Pilzen (hauptsächlich Hefen), Protisten und Archaeen (hauptsächlich Methanogenen) besiedelt, obwohl über diese aufgrund ihrer Seltenheit im Vergleich zu Bakterien weniger bekannt ist. Im Bereich der makroskopischen Körperflora handelt es sich im Körperinneren meist um schädliche Parasiten wie Bandwürmer. Bestimmte Menschen können jedoch Tausende von makroskopischen Körperflora in ihrer Haut oder ihren Haaren haben, oft in Form von Milben. Wissenschaftler glauben, dass es auf der Welt bis zu einer Million Milbenarten geben könnte, die an jede erdenkliche Umgebung angepasst sind – einschließlich des menschlichen Körpers.
99% der Bakterien im Darm stammen von 30-40 Arten. Zu den allgemein gesichteten Gattungen gehören Bacteroides, Clostridium, Fusobacterium, Eubacterium, Ruminococcus, Peptococcus, Peptostreptococcus und Bifidobacterium. Bakterielle Körperflora neigt dazu, eine symbiotische Beziehung mit ihrem Wirt einzugehen. Bakterien helfen, komplexe Kohlenhydrate zu verdauen, die sonst unverdaulich wären, fördern das Wachstum von Darmzellen, unterdrücken pathogene Mikroben, beugen Allergien und entzündlichen Darmerkrankungen vor und spielen eine entscheidende Rolle im Immunsystem. Die Körperflora und der Körper, den sie einnimmt, entwickeln sich seit Millionen von Jahren gemeinsam.
Ungefähr 60 % der Kotmasse besteht aus Bakterien. Einige Bakterien, die sich im Kot befinden, können für die Person, von der er stammt, und für die Menschen in ihrer Umgebung pathogen sein. Dies ist einer der Gründe für moderne Hygiene. Zu den Bakterien, die über den Kot verbreitet werden, gehören E. coli und Vibrio cholerae, das Bakterium, das Cholera verursacht.