Vollkorn-Muffins enthalten eine Vielzahl von verschiedenen Vollkornprodukten wie Weizen oder Hafer, während sie Zutatenzusätze wie Früchte, pürierte Kürbisse, Schokolade oder Rosinen enthalten. Frühstücksmuffins mit Vollkornprodukten enthalten in der Regel Haferflocken und etwas Obstpüree, wie Bananen oder Erdbeeren. Als Vollkornsorten kommen Roggen, Gerste und Sorghum sowie Buchweizen, Quinoa und andere glutenfreie Vollkornsorten zum Einsatz. Da Vollkornmuffins normalerweise als gesündere Alternativen zu ihren Gegenstücken aus Weißmehl gelten, werden viele Muffins aus Vollkornprodukten von Ernährungswissenschaftlern und Ärzten wegen ihres Ballaststoffgehalts beworben.
Muffins mit Vollkornprodukten verwenden oft Vollkornmehl als Hauptgrundzutat und fügen verschiedene Zutaten wie getrocknetes oder frisches Obst und Gewürze hinzu. Kürbis-Vollkorn-Muffins werden normalerweise aus Weizenmehl sowie püriertem Kürbis, Zimt und Ingwer hergestellt und oft in den Herbstmonaten zubereitet. Glutenfreie Versionen von Kürbismuffins können immer noch Vollkornprodukte verwenden und das Weizenmehl für ein glutenfreies Vollkornmehl oder -mehl ersetzen. Quinoamehl und Sorghummehl sind zwei Beispiele für Vollkornmehle, die problemlos in jedem glutenfreien Vollkornmuffinrezept verwendet werden können.
Beliebt sind auch Apfel-Vollkorn-Muffins, die meist frische Apfelscheiben, Zimt und Muskatnuss sowie einen braunen Zuckerstreusel-Topping enthalten. Dieser Muffin kann zu Kaffee oder Tee serviert werden und ist auch ein beliebtes Backprodukt, das zum Frühstück oder zwischen den Mahlzeiten als Snack verzehrt wird. Bananen-Nuss-Muffins werden häufig aus Vollkornprodukten wie Haferflocken und Vollkornmehl hergestellt und sind mit ihrer süßen und sättigenden Textur sehr verbreitet als Frühstücksmuffins. Meistens enthalten die meisten Vollkorn-Muffins keinen Zuckerguss wie Cupcakes und sind dichter, was sie perfekt als Mahlzeitenersatz macht.
Blaubeermuffins mit Vollkornprodukten verwenden im Allgemeinen Vollkornmehl oder ein glutenfreies Vollkornmehl zusammen mit dunkelbraunem Zucker und frischen oder gefrorenen Blaubeeren. Diese Arten von Muffins sind beliebt als Snacks und werden normalerweise in den warmen Sommermonaten hergestellt. Da Vollkornprodukte eine erhebliche Menge an Ballaststoffen und anderen Nährstoffen enthalten, empfehlen die meisten Ernährungswissenschaftler Vollkornmuffins gegenüber ihren Gegenstücken aus Weißmehl. Obwohl sie als gesünder gelten, können Muffins aus Vollkornprodukten dennoch einen hohen Zuckergehalt enthalten. Daher ist es wichtig, den Zuckergehalt zu beachten und in Maßen zu konsumieren.