Der Beginn der AIDS-Epidemie war eine subtile Veränderung des genetischen Materials eines Virus, die es dem Virus ermöglichte, zoonotisch zu werden, was bedeutete, dass es von Tieren auf Menschen übertragen werden konnte. Über einen wahrscheinlich jahrzehntelangen Zeitraum wurde das Virus immer wieder von Primaten in Afrika auf Menschen übertragen, fasste schließlich in der menschlichen Bevölkerung Fuß und begann sich über die Grenzen des afrikanischen Kontinents hinaus auszubreiten. Als Wissenschaftler und Mediziner alle Punkte miteinander verbinden konnten, hatte sich die AIDS-Epidemie über weite Teile der Welt ausgebreitet; 2007 waren weltweit über 33 Millionen Menschen mit HIV infiziert, dem Virus, aus dem sich AIDS entwickelt.
Der Beginn der AIDS-Epidemie ist umstritten, und auch jetzt setzen Forscher die Puzzleteile noch zusammen. Es ist klar, dass das HIV-Virus von Primaten stammt, die in West- und Zentralafrika leben, und dass es wahrscheinlich in Gemeinschaften auf Menschen übertragen wurde, in denen Menschen das Fleisch von Primaten essen. Einige Forscher haben vorgeschlagen, dass der Aufstieg von Städten in Afrika auch zur Verbreitung von AIDS beigetragen haben könnte, indem die menschliche Bevölkerung konzentriert wurde.
Von Afrika sprang das AIDS-Virus nach Haiti, und dann begann es sich schnell in verschiedene Richtungen auszubreiten. Eine schwule Flugbegleiterin, die manchmal als „Patient Zero“ bezeichnet wird, wird oft verunglimpft, weil sie die AIDS-Epidemie verursacht hat, aber alle Beweise deuten darauf hin, dass sich das Virus gleichzeitig in mehreren Gemeinden verbreitet hat; Das HIV-Virus hat tatsächlich mehrere verschiedene Gruppierungen oder „Kladen“, was die Tatsache veranschaulicht, dass es nicht von einer einzelnen Person verursacht wurde.
Die Kladen deuten auch auf etwas Interessanteres hin, nämlich dass HIV und AIDS wahrscheinlich viel älter sind, als die Leute denken. Das allgemeine Wissen um die AIDS-Epidemie deutet darauf hin, dass das Virus in den 1980er Jahren entstanden ist, aber tatsächlich begann es sich wahrscheinlich in den 1930er Jahren auszubreiten und wuchs exponentiell, bis es in den 1980er Jahren genügend Fälle gab, damit medizinisches Fachpersonal erkannte, dass sie eine Epidemie hatten. Mindestens ein dokumentierter AIDS-Todesfall stammt aus den 1950er Jahren und stützt diese Ansicht.
Indem die Forscher mehr über die Ausbreitung der AIDS-Epidemie erfahren, hoffen die Forscher, neue Techniken zur Behandlung und möglicherweise Heilung oder Impfung gegen die Krankheit zu entdecken. Zum Beispiel reagieren verschiedene Kladen auf einzigartige Weise auf die Behandlung, was die Vielfalt der HIV- und AIDS-Viren veranschaulicht, und einige Kladen sind tödlicher als andere; weniger tödliche Kladen sind wahrscheinlich älter, da ihre Opfer lange genug gelebt hätten, um die Krankheit weiter auszubreiten.