Hay tantas causas diferentes de intoxicación alimentaria que la ciencia médica no las ha identificado todas. Sin embargo, la mayoría de los casos de enfermedades transmitidas por alimentos son causadas por bacterias o virus. Las bacterias prosperan en sustancias no vivas, mientras que los virus requieren un huésped vivo para existir. Las causas de intoxicación alimentaria por virus y bacterias tienen muchos métodos diferentes de contaminación.
Las bacterias pueden permanecer en la superficie de frutas y verduras. Si los productos no se lavan o procesan adecuadamente, las bacterias pueden ingerirse y causar intoxicación alimentaria. Las frutas y verduras enlatadas pueden ser una de las causas de intoxicación alimentaria más graves si el producto se procesa de forma incorrecta. Clostridium botulinum es una bacteria que produce una toxina que puede causar enfermedades graves y la muerte. Las latas o las tapas abultadas son señales de que el producto se enlató incorrectamente; comer estos alimentos puede provocar la muerte por intoxicación por botulismo.
La mayoría de las causas de intoxicación alimentaria no producen efectos tan graves. Los síntomas similares a los de la gripe y los problemas intestinales que desaparecen en uno o dos días son más comunes. Los síntomas de intoxicación alimentaria a veces se pueden confundir con la gripe. Los calambres de estómago, las náuseas y los vómitos son signos comunes.
Los casos virales de intoxicación alimentaria son causados comúnmente por la contaminación de las heces. Si los cocineros y quienes preparan los alimentos no se lavan las manos correctamente después de usar el baño, puede resultar en contaminación e intoxicación alimentaria. Este tipo de intoxicación alimentaria puede afectar a instituciones enteras, como guarderías infantiles y escuelas. La materia fecal de los mariscos es otra causa viral de intoxicación alimentaria.
Los alimentos que no están completamente cocidos también pueden causar enfermedades transmitidas por los alimentos. Todos los alimentos deben cocinarse a la temperatura adecuada para evitar intoxicaciones alimentarias. Dejar los alimentos cocinados sin refrigerar durante más de dos horas es otra causa de intoxicación alimentaria que se puede evitar fácilmente. La regla básica en seguridad alimentaria es que los alimentos calientes deben permanecer calientes y los alimentos fríos deben permanecer fríos.
La preparación adecuada de la carne cruda para cocinar es especialmente importante para evitar la intoxicación alimentaria. Las carnes crudas pueden contener bacterias que causan intoxicación alimentaria. Si la carne cruda se corta en una tabla de cortar antes de que se preparen allí también otros alimentos, como verduras, las bacterias pueden contaminar fácilmente las verduras. Deben usarse tablas de cortar y cuchillos separados para los diferentes alimentos a fin de evitar la contaminación bacteriana.
Las temperaturas de cocción adecuadas pueden matar bacterias y virus que de otro modo podrían causar intoxicación alimentaria. Por ejemplo, la carne de cerdo puede contener el gusano redondo viral Trichinella spiralis, que causa la triquinosis, una enfermedad transmitida por los alimentos. Si la carne de cerdo está bien cocida, las posibilidades de contraer triquinosis son muy raras.