Hay tres tipos diferentes de sistemas de huellas dactilares. Uno es el tipo de sistema que se utiliza para recopilar y procesar huellas dactilares. Un segundo es el tipo de sistema que permite la identificación de huellas dactilares que no tienen un propietario conocido. El tercero es el tipo de sistema que limita o restringe el acceso a un determinado lugar, máquina o recopilación de información basada en la identidad. Un cuarto tipo de kit, sin embargo, es la versión infantil de un kit de identificación de huellas dactilares, diseñado para dar a los científicos en ciernes una muestra de la ciencia forense.
Durante mucho tiempo, una parte clave de un sistema de huellas dactilares para recopilar huellas dactilares fue la almohadilla de tinta. Recientemente, se han puesto en uso sistemas sin tinta. Este tipo de sistema se utiliza principalmente para los solicitantes de empleo, para licencias y permisos, para inmigración y para reservar sospechosos. Los sistemas generalmente se fabrican con al menos una de las especificaciones de los sistemas primarios de identificación de huellas dactilares para que puedan usarse en conjunto. Además, los sistemas suelen estar encerrados en un kit de plástico duradero con asa, lo que los hace fácilmente portátiles.
El segundo tipo de sistema de huellas dactilares intenta hacer coincidir una o más huellas dactilares recolectadas usando un kit de recolección o extraídas de la escena del crimen con una colección de registros de identificación de huellas dactilares almacenados en una base de datos. Debido a que estas bases de datos contienen mediciones de las características físicas de los individuos, se las conoce como bases de datos biométricas.
Dos bases de datos importantes que cumplen esta función en los EE. UU. Son el Sistema Automatizado de Identificación de Huellas Dactilares (IAFIS) y el Sistema de Identificación Biométrica Automatizado de Próxima Generación (ABIS) (NGA). IAFIS es una base de datos nacional que incluye no solo datos de huellas dactilares, sino también antecedentes penales. Es mantenido por la División de Servicios de Información de Justicia Criminal (CJIS) de la Oficina Federal de Investigaciones (FBI). Los estados pueden tener su propia implementación de AFIS. Otros países también tienen sus propios sistemas. ABIS, que está construido para operar en sincronía con IAFIS, es un proyecto del Departamento de Defensa (DoD), diseñado, construido y mantenido por Lockheed Martin Corporation.
Se puede utilizar un sistema de huellas dactilares por motivos de seguridad en una variedad de situaciones. Los lectores electrónicos de huellas dactilares se pueden utilizar para proteger las computadoras, así como el acceso a las instalaciones, salas específicas dentro de las instalaciones o un vehículo. En parte porque dichos sistemas han sido objeto de abusos, ahora se utilizan variaciones. Una variación es que a cada persona se le entrega un dispositivo personal que se lleva y se usa para verificar la identidad de su propietario. La geometría de la mano, los escáneres de retina e iris, el análisis de voz y el reconocimiento facial compiten con los sistemas de huellas dactilares, y los escáneres de iris se consideran mejores que todos los demás, excepto los escáneres de retina, que se cree que son los mejores.