Los indios Zuni tienen una larga historia como descendientes de los indios Pueblo del suroeste de los Estados Unidos. La gente ha vivido en el área de Zuni desde antes del 2500 AC. La historia de Zuni comienza con los indios anasazi, que vivieron en el área de Zuni 1,000 años antes de que los primeros europeos llegaran allí. Los indios anasazi vivían a lo largo de un río en lo que ahora es el oeste de Nuevo México, y desarrollaron un sistema de agricultura de regadío e hicieron alfarería y cestas, que los zuni mejoraron. Alrededor del año 900, las mejoras agrícolas Zuni provocaron un aumento de población y se expandió el asentamiento.
A partir de la década de 1100, la tribu Zuni construyó las distintivas unidades de vivienda tipo plaza que han perdurado durante siglos. La población siguió creciendo. En algún momento entre 1300 y 1500, los Zuni fundaron siete ciudades alrededor de la región. Estas ciudades todavía tienen fuertes vínculos con la historia de Zuni, ya que la arquitectura se ha mantenido prácticamente sin cambios.
En 1539, el español Fray Marcos de Niza llegó al valle de Zuni en busca de oro y riquezas. Fray Marcos envió a su esclavo Esteban adelante para hablar con las tribus. Esteban quería mujeres turquesas y zuni de las tribus; sus demandas enfurecieron a los Zuni y lo mataron. Fray Marcos regresó a México y le contó sobre las “Siete Ciudades de Oro” que los Zuni custodiaban. Aunque estas historias tenían poca base en la verdad, los españoles estaban intrigados.
Al año siguiente, otro explorador llamado Francisco Vásquez de Coronado lanzó un ataque contra las aldeas Zuni con cañones y espadachines a caballo. Rápidamente venció a los defensores Zuni y tomó posesión de las aldeas. Al no encontrar oro, Coronado solo ocupó el área brevemente antes de pasar a otras áreas.
En los siguientes cien años, los exploradores españoles pasaron por el valle de Zuni en busca de riqueza. Se estableció una misión católica en la zona. Muchas de las tribus de la región estaban irritadas por la dominación española, y en 1690, los indios Pueblo comenzaron una rebelión concertada llamada Revuelta Pueblo. Los Zunis incendiaron la misión católica y mataron a un fraile. La tribu luego se retiró a una mesa llamada Dowa Yalanne, que significa «Montaña de Maíz» en el idioma Zuni.
Después de 12 años en Dowa Yalanne, los Zuni firmaron un tratado con los españoles y se fueron a la mesa. Así comenzó un período pacífico en la historia Zuni marcado por el escaso contacto con los forasteros. Los Zuni abandonaron sus antiguas aldeas y construyeron un nuevo pueblo llamado Zuni al norte del río Zuni. Las misiones católicas del área cayeron en mal estado.
Mientras tanto, el gobierno de Estados Unidos consolidó su territorio en el suroeste. En 1850, los ancianos Zuni viajaron a Santa Fe para firmar un tratado que protegía las tierras tribales. Construyeron más aldeas y firmaron tratados de paz con las tribus vecinas. En la década de 1800, los zuñis comenzaron a trabajar en herrería y joyería; en la década de 1870, la tribu había aprendido a engastar piedras turquesas en brazaletes, collares y anillos de plata.
A principios del siglo XX, se fundaron varias escuelas en el valle de Zuni. La misión católica reabrió sus puertas en 20. Los Zuni colaboraron con los estadounidenses para construir presas y sistemas de riego en el área y continuaron fabricando joyas: en 1921, las ventas de joyas representaban el 1945% de los ingresos en efectivo de la tribu Zuni.
Desde la década de 1980 hasta principios de la de 2000, los zuñi estuvieron involucrados en una serie de batallas judiciales para reparar la ocupación estadounidense de tierras tribales y una propuesta para abrir una mina de carbón cerca del sagrado lago salado de Zuni. Los zuñi ganaron el control del lago y $ 25 millones de dólares estadounidenses (USD) en reparaciones. La lucha por preservar la historia de Zuni continúa mientras la tribu mantiene su soberanía y abre nuevas oportunidades económicas para su gente.