La mayoría de los quistes ováricos desaparecen por sí solos y, por lo tanto, no necesitan cirugía. Los que requieren extirpación quirúrgica suelen ser grandes, cancerosos, extremadamente dolorosos o sólidos. Durante la cirugía, se hará una incisión, se extirpará el quiste y se examinará el tejido si se sospecha de cáncer. Se usarán grapas o puntos de sutura para cerrar el área y se le ofrecerán analgésicos para tratar el malestar abdominal que generalmente acompaña a este tratamiento. Si bien la cirugía de quiste ovárico generalmente solo toma un par de horas, la estadía en el hospital generalmente es de al menos tres días, seguida de un período de recuperación de hasta cuatro semanas.
Este tipo de tratamiento para los quistes ováricos suele ser un último recurso, ya que existen riesgos asociados con cualquier cirugía, aunque todavía son bastante raros. Es posible que los pacientes experimenten complicaciones como sangrado excesivo, infección, infertilidad, coágulos de sangre y la necesidad de extirpar los ovarios, por lo que la cirugía de quiste ovárico no suele ser el primer tratamiento que se ofrece. Antes de programar la cirugía, la mayoría de los médicos realizan un examen físico, una ecografía, una tomografía computarizada y análisis de orina y sangre, por nombrar algunas de las pruebas de detección habituales que se requieren. Además, los anticoagulantes y los medicamentos antiinflamatorios como la aspirina deben suspenderse temporalmente ya que pueden causar un efecto adverso después de la cirugía de quiste ovárico.
La mayoría de los médicos usan anestesia general para bloquear el dolor de la operación y luego proceden cortando el abdomen. Primero se separan los músculos del área y luego se apartan los vasos sanguíneos para que el médico pueda extirpar el quiste. Si se sospecha de cáncer, también se puede extraer algo de tejido en este momento para poder analizarlo. Luego, los músculos abdominales generalmente se suturan y la incisión inicial generalmente se cierra con grapas o puntos. Finalmente, los líquidos y medicamentos se administran por vía intravenosa directamente después de la cirugía del quiste ovárico.
Aunque el dolor abdominal debería desaparecer en unos diez días, el período de recuperación puede tardar hasta cuatro semanas. Durante este tiempo, la incisión debe limpiarse regularmente con agua y jabón, y las piernas deben moverse con cuidado como de costumbre para ayudar a prevenir la formación de coágulos de sangre. En la mayoría de los casos, los pacientes pueden volver a su rutina habitual cuando se sientan capaces, aunque se deben evitar las actividades extenuantes hasta por seis semanas. La mayoría de los médicos informan a sus pacientes cuando están completamente curadas de la cirugía de quiste ovárico y pueden volver a sus actividades habituales.