A intoxicação alimentar por ostras geralmente ocorre se os moluscos estiverem contaminados com bactérias, especialmente o tipo conhecido como Vibrio vulnificus, comum em moluscos crus. Os médicos geralmente aconselham que a melhor maneira de evitar a intoxicação alimentar por ostras é evitar comê-las cruas. Geralmente, é mais seguro preparar alimentos crus em uma cozinha limpa, com as mãos e os utensílios limpos. Pessoas que estão doentes, especialmente aquelas com infecções comumente transmitidas por intoxicações alimentares, devem evitar preparar alimentos, pois podem contaminá-los. Também se pode ajudar a prevenir a intoxicação alimentar por ostras, garantindo que as ostras sejam o mais frescas possível, e compradas de um comerciante respeitável que as armazena em condições higiênicas adequadamente refrigeradas.
Acredita-se que cozinhar as ostras seja a melhor maneira de prevenir a transmissão de intoxicações alimentares quando são consumidas. Mesmo que as ostras estejam contaminadas, é provável que cozinhá-las mate os agentes patogênicos. Os consumidores são normalmente aconselhados a descartar todas as ostras que não se abram durante o processo de cozimento, uma vez que essas ostras podem estar contaminadas.
As mãos, utensílios e áreas de cozimento geralmente devem ser esterilizados antes do preparo dos alimentos para evitar a transmissão de intoxicação alimentar por ostras. As ostras cozidas geralmente devem ser mantidas bem longe de quaisquer ostras cruas esperando para serem cozidas. Se as ostras cruas entrarem em contato com as ostras cozidas, qualquer bactéria ou outros patógenos dentro delas podem contaminar novamente as ostras cozidas.
Os médicos geralmente acreditam que a intoxicação alimentar por ostras e outros alimentos, especialmente crustáceos, é mais provável durante os meses quentes do ano, quando é menos provável que esses alimentos sejam mantidos sempre resfriados. Geralmente, é melhor comprar as ostras mais frescas possíveis para consumo, especialmente se forem comidas cruas. O comerciante deve armazenar as ostras de maneira adequada antes da venda. Certas pessoas, como crianças, idosos e mulheres grávidas, geralmente correm maior risco de intoxicação alimentar e podem ser geralmente aconselhadas a não comer ostras. Pessoas com doença hepática, diabetes, doença renal, imunidade reduzida ou aqueles que tomam certos medicamentos também são geralmente aconselhados a evitar o consumo de mariscos crus como ostras, uma vez que essas pessoas também podem ser muito mais propensas a contrair intoxicação alimentar por alimentos contaminados.