Cuidar de um bonsai de cipreste pode depender da espécie de árvore escolhida, pois existem mais de 100 variedades diferentes de cipreste disponíveis para treinamento como bonsai. Versões populares de cipreste bonsai incluem o Lawson – Chamaecyparis lawsoniana, o japonês Hinoki – Chamaecyparis obtuso e o japonês Sawara – Chamaecyparis pisifera. Outro tipo comum de bonsai de cipreste recomendado para iniciantes, embora não seja uma espécie de cipreste verdadeiro, é o cipreste Calvo ou do Pântano – Taxodium distichum. Cuidar dos ciprestes pode variar, pois alguns preferem condições de clima seco, como o Hinoki japonês, e alguns são nativos de regiões pantanosas e preferem um ambiente consistentemente úmido como o cipreste calvo. Como regra geral, no entanto, os ciprestes são fáceis de cultivar como bonsai, por isso se tornaram uma escolha muito popular em 2011 e são árvores que preferem luz solar total e fertilização regular.
A maioria dos tipos de ciprestes são relativamente resistentes, por isso são bons espécimes de bonsai, pois adaptar uma árvore a um estilo de vida de bonsai pode ser um processo estressante para a árvore. Em termos de frequência de rega, o cipreste Hinoki é a espécie que requer as condições mais secas. O solo para o Hinoki deve ser úmido na maior parte do tempo, mas é uma espécie tolerante à seca que pode sobreviver a condições mais frias e secas do que outros bonsai de cipreste. Ao longo deste espectro, o cipreste Sawara requer mais água, pois é nativo de áreas úmidas, e o cipreste Calvo requer uma condição quase constante de solo úmido, pois é nativo de pântanos. As árvores Sawara e os ciprestes calvos também podem morrer se expostos ao frio e precisam passar o inverno em estufas.
O bonsai em geral pode estar sujeito a ataques mais frequentes de pragas e doenças do que seus equivalentes na natureza devido às condições confinadas em que são cultivados. Embora a árvore Hinoki seja bastante resistente a pragas e doenças, os ciprestes Sawara e Calvos são frequentemente atacados por pulgões e têm galhos delicados que devem ser podados com os dedos em vez de cortar para evitar danos indevidos às árvores. O cipreste Lawson, que é uma das variedades mais populares de bonsai de cipreste cultivado, também requer solo constantemente úmido como o Sawara, mas não as condições de alagamento que o cipreste calvo tende a desfrutar. Uma das condições de cultivo que são comuns a todos os ciprestes bonsai populares é que todos eles preferem luz solar plena, o que geralmente significa que os recipientes de bonsai em si são mantidos melhor ao ar livre.
O cipreste calvo recebe o nome do fato de ser uma conífera decídua única que perde suas folhas parecidas com agulhas no inverno. A folhagem primeiro ficará laranja e depois marrom, o que, em outros bonsai de cipreste, indicaria que a árvore está morrendo. No cipreste calvo, este é um evento natural de outono. Determinar o nível de água adequado para o cipreste calvo também pode ser feito observando os efeitos de queda na folhagem nova, o que indica que ele precisa de mais água.
O plantio de bonsai de cipreste também é recomendado para ser repetido a cada dois ou três anos para todas as espécies, embora algumas cresçam mais rápido do que outras. O Hinoki tende a crescer mais devagar, então pode ser replantado com menos frequência do que variedades como o Sawara. O cipreste calvo cresce mais rápido e pode ser replantado com segurança todos os anos. Como a casca do bonsai do cipreste pode ser delicada, deve-se tomar cuidado com a fiação das árvores para que cresçam em formas específicas. Conforme o fio fica apertado, ele deve ser removido e substituído por enrolamentos mais frouxos ou por nenhum.