Um hermafrodita descreve uma pessoa que nasce com características físicas femininas e masculinas. Cada vez mais, entretanto, o intersexo está se tornando uma descrição mais popular quando se refere a indivíduos desse estado congênito. Um hermafrodita pode nascer com ambos os órgãos sexuais ou pode nascer com um órgão sexual principal, mas possui parte de um segundo órgão oposto. Além das características visíveis, outras características físicas também podem fazer com que uma pessoa seja definida como intersex, como as diferenças cromossômicas aparentes na síndrome de Klinefelter, em que um homem nasce com dois cromossomos X e um cromossomo Y.
O rótulo hermafrodita não se aplica apenas a humanos, mas é freqüentemente usado para descrever certas espécies de plantas, bem como outros animais que possuem ambos os órgãos sexuais. Historicamente, os humanos nascidos com essa condição geralmente são submetidos a cirurgias durante a infância. Para todos os efeitos, a cirurgia visa eliminar um dos órgãos sexuais e, assim, tornar a criança anatomicamente feminina ou masculina.
Alguns, como a Intersex Society of North America, consideram hermafrodita uma descrição desatualizada e imprecisa de indivíduos intersex. Normalmente, é usado para descrever pessoas que se acredita serem, fisicamente, mulheres e homens. Pessoas que nascem com características de ambos os sexos, entretanto, não podem ser tão facilmente retratadas como completamente femininas ao mesmo tempo em que são completamente masculinos. Especificamente, uma pessoa a que alguns se referem como hermafrodita pode, na verdade, nascer com uma aparência exteriormente masculina, mas possuir órgãos internos femininos ou vice-versa.
Existem várias outras variações congênitas que fazem com que alguns evitem o rótulo de hermafrodita. Por exemplo, uma menina recém-nascida pode nascer sem uma abertura vaginal ou com um clitóris aumentado, que pode parecer um pênis pequeno. Um menino recém-nascido pode nascer com um escroto em forma de lábios.
Outra descrição, uma vez definida como um verdadeiro hermafrodita, é aplicada a indivíduos nascidos com glândulas sexuais constituídas de tecido testicular e ovariano. Hoje, os médicos mais comumente se referem a essa condição intersexo como ovotestes. Algumas pessoas podem ter dois ovotestes ou apenas um pareado com outro ovário. Bebês nascidos com ovotestes geralmente parecem ter genitais femininos ou masculinos de aparência normal, enquanto alguns parecem ter órgãos genitais que parecem ser uma combinação de ambos.
A ciência médica descobriu que indivíduos que podem ter sido descritos como hermafroditas podem, na verdade, nascer com múltiplas variações de órgãos sexuais femininos e masculinos. Isso levou ao uso mais comum do termo intersex, pelo qual tais indivíduos são rotulados hoje. Algumas pessoas nascidas com essa condição, no entanto, optaram por adotar o primeiro rótulo, enquanto outras o consideram ofensivo.