Identidade de gênero é um termo complicado, correspondendo aproximadamente à crença central que as pessoas têm sobre o que é seu gênero e sobre o que a sociedade tem o direito de fazer com base em conceitos sociais sobre gênero. Sinais externos ou de correspondência genética freqüentemente confirmam a crença central. Uma mulher que acredita ser mulher tem evidência disso por sua composição cromossômica (dois cromossomos x) e pelo fato de ter seios e vagina. Os homens têm provas semelhantes de sua identidade de gênero. Às vezes a questão fica muito mais confusa porque a identidade de gênero central não corresponde aos cromossomos ou ao exterior, e isso faz com que algumas pessoas se sintam sem gênero ou como se estivessem presas no tipo errado de corpo.
Ainda há muitas dúvidas sobre a forma como as pessoas formam sua identidade de gênero. Os cromossomos podem influenciar parte dela e outras partes podem se desenvolver à medida que as crianças nascem e crescem. Não está claro por que a identidade é tão frequentemente associada a sinais físicos adultos de um sexo específico. Nem os meninos nem as meninas têm seios, pelos pubianos ou genitália mais dilatada e, ainda assim, podem ver essas coisas como parte do gênero.
Mais claro é que, uma vez que as crianças desenvolvem sua própria identidade de gênero, o que ela compreende é provavelmente reforçado pela sociedade de macrocosmo a microcosmo. Todos em uma sociedade recebem mensagens sobre os papéis dos gêneros, e isso provavelmente influenciará as decisões de uma pessoa sobre o que é possível com base nos valores tradicionais sobre seu gênero. Sempre há pessoas que rompem o molde e fazem algo que normalmente não é atribuído ao gênero, e essas pessoas podem ter um papel na mudança de pensamentos sobre o gênero ou podem ser criticadas por agirem pouco femininos ou masculinos.
Com muitas sociedades mantendo uma atitude bastante liberal sobre a mudança de papéis de mulheres e homens, ainda existem desafios para pessoas com diferentes questões de identidade. Um dos maiores desafios em sociedades mais permissivas é enfrentado por aqueles que têm uma identidade de gênero incomparável por dentro e por fora. Tanto o desejo de viver sem gênero ou a forte convicção de que uma pessoa realmente é de um gênero diferente do seu ser físico pode ser muito difícil. Nas sociedades ocidentais, essa questão é tratada com maior frequência e, com os recursos, uma pessoa que realmente sente que é do sexo errado pode se submeter a uma cirurgia de redesignação sexual, removendo evidências de um gênero e criando evidências do outro.
Dar esse passo nem sempre é bem recebido pela família de uma pessoa ou pela sociedade. Além disso, existem algumas dificuldades físicas inerentes que podem ser um problema para algumas pessoas, como a ingestão de hormônios, que geralmente não são produzidos por esse sexo específico, em grande quantidade. Essas transições são muito desafiadoras, e as clínicas que oferecem cirurgia geralmente requerem uma certa quantidade de aconselhamento antes e depois, porque a redesignação sexual é desorientadora e permanente. Alguns que dão esse passo relatam satisfação porque o senso interno de gênero finalmente combina com a aparência externa.