Algumas diferenças entre muffins e cupcakes são densidade, glacê e quais alimentos são assados dentro. A densidade varia entre muffins e cupcakes, mas muffins quase sempre são mais densos por causa da farinha extra adicionada. Além disso, os cupcakes geralmente têm glacê, enquanto os muffins não. Outra diferença entre os dois é que os muffins podem conter alimentos como vegetais e até carne, algo que geralmente falta nos cupcakes. A linha entre esses dois itens pode ser confusa, no entanto, especialmente com os cozinheiros modernos que não têm medo de quebrar as regras de cozimento padrão.
Uma grande diferença entre muffins e cupcakes é que os muffins são definidos como pães, enquanto os cupcakes são definidos como pequenos bolos. Muffins geralmente têm muito mais farinha do que cupcakes, o que os torna mais densos. Mesmo se todos os outros ingredientes fossem iguais, a densidade de um muffin se destacaria, embora a aparência seja semelhante. Às vezes, os cupcakes ficam mais densos do que o normal, mas geralmente não se aproximam da densidade de um muffin. Além disso, os muffins são geralmente pelo menos um pouco maiores do que um cupcake, enquanto os tamanhos de cupcake são geralmente padrão ou mini.
Outra diferença entre muffins e cupcakes é que normalmente os cupcakes são congelados. A cobertura costuma ser doce ou às vezes saborosa, mas quase sempre está presente em um cupcake. Por outro lado, os muffins normalmente não têm glacê. Geralmente são consumidos puros ou com manteiga, conservas de frutas ou outros condimentos. Quando os muffins são congelados, ingredientes mais nutritivos costumam ser usados, em comparação com o glacê destinado a cupcakes orientados para sobremesa.
Os cupcakes geralmente não têm adições além de doces assados ocasionais e a cobertura que cobre o bolo. Os muffins, por outro lado, geralmente contêm frutas, vegetais ou vários outros alimentos saudáveis. Ao contrário dos cupcakes, os muffins costumam ser elaborados para preencher, e não como sobremesa, oferecida no final de uma refeição. Em geral, os cupcakes são concebidos para servir de sobremesa, enquanto os muffins podem servir como sobremesa ou como alimento normal.
Às vezes, a linha entre muffins e cupcakes é um pouco borrada. Os muffins podem ser adoçados e, às vezes, os cupcakes são mais saborosos do que o normal. Às vezes, os muffins são criados com menos farinha do que o normal, e os cupcakes podem ser mais densos do que o normal. Algumas pessoas têm dificuldade em distinguir os muffins dos cupcakes quando ambos estão gelados.