Por uma questão de simplicidade, o sistema reprodutivo masculino pode ser dividido em partes internas e externas. Externamente, o sistema consiste no pênis e no escroto. Dentro do escroto, existem os testículos, o epidídimo e as vans deferentes. Outras partes internas do sistema reprodutor masculino incluem a próstata, as glândulas bulbouretrais e a uretra.
O pênis é uma das partes mais reconhecidas do sistema reprodutor masculino e possui duas partes principais. A glande, ou a cabeça do pênis, é uma parte que se acredita contribuir significativamente para o prazer de uma experiência sexual e contém o meato urinário, que é uma abertura que permite que a urina e o sêmen escapem do corpo. A segunda parte do pênis é o eixo, que é a porção cilíndrica do pênis que se enrijece e aumenta durante a excitação sexual.
Abaixo do pênis, há uma estrutura em forma de saco, conhecida como escroto. Ele contém duas partes ovais conhecidas como testículos, responsáveis pela produção e armazenamento de espermatozóides e produção de testosterona. O escroto também abriga o epidídimo e as vans deferens, que atuam como uma rede de tubulação para o sistema reprodutor masculino. Outra função importante do escroto é que, através da expansão e contração, ajuda a regular a temperatura dos testículos, expondo-os a mais ou menos calor corporal.
As vesículas seminais estão localizadas perto da base da bexiga. Essas pequenas estruturas em forma de saco se conectam às vans deferens. A maioria do fluido seminal é produzida por essas estruturas. Sua contribuição é rica em frutose e, portanto, fornece combustível ao espermatozóide que ele precisa para ser móvel.
A próstata é uma parte interna do sistema reprodutor masculino. Ele está localizado abaixo da bexiga e desempenha um papel na produção de sêmen, contribuindo com fluidos que nutrem o esperma. A uretra é uma passagem que transporta a urina da bexiga para o meato urinário. Essa passagem, que viaja pela próstata, também transporta sêmen. A uretra é estruturada de modo a não permitir a mistura ou o transporte simultâneo de sêmen e urina.
Nos lados da uretra estão as glândulas bulbouretrais, às vezes chamadas de glândulas de Cowper. Essas estruturas produzem um fluido claro que muitas vezes se secreta do pênis durante períodos em que um homem é excitado sexual, mas antes de qualquer ejaculação. O fato de o fluido ser produzido antes da ejaculação é significativo, pois acredita-se que um de seus objetivos seja servir como lubrificante. Enquanto drena para a uretra, acredita-se também que neutraliza a acidez que pode resultar da urina.