As ameixeiras são suscetíveis a algumas pragas e doenças e requerem manutenção regular. Fertilizar as árvores frutíferas e borrifá-las com fungicidas e pesticidas é necessário para promover um crescimento forte e vigoroso. Algumas das doenças mais comuns da ameixeira causadas por infecções fúngicas são nó preto, podridão parda, oídio, murcha verticillium, cancro perene e bolsas de ameixa. As doenças bacterianas que afetam as ameixas são a galha da coroa, a mancha bacteriana e a cova. Doenças da ameixeira, como o vírus da varíola e a ferrugem, são causadas por pragas como os pulgões.
O nó preto, que é causado pelo fungo Dibotryon morbosum, causa o aparecimento de nós pretos longos e duros nos galhos da ameixeira e às vezes no tronco principal. O cancro perene é uma infecção fúngica semelhante causada pelos fungos Valsa cincta e V. leucostoma, e causa o aparecimento de cânceres ovais nos ramos e no tronco. Em ambos os casos, os nós e cancro eventualmente envolvem a árvore e a matam.
O fungo da podridão parda cresce na forma de tufos marrons nas flores de ameixa, frutos e pequenos ramos, e faz com que as flores murchem e os frutos apodreçam. Muitas frutas destruídas também são prejudicadas pelo fungo taphrina, que cria espaços ocos e alargados conhecidos como bolsões de ameixa nas frutas da ameixa. O fungo Podosphaera oxyacanthae causa oídio, um crescimento pulverulento branco na parte inferior das folhas da ameixa que destrói as folhas e impede o crescimento da árvore. A murcha de Verticillium, que é causada pelo fungo Verticillium alboatrum, também prejudica o crescimento das plantas, fazendo com que as folhas murchem, a madeira descolorir e as raízes apodrecendo.
A infecção da galha em coroa, que é causada pela bactéria Agrobacterium tumefaciens, produz tumores corky no tecido da planta. As outras duas doenças bacterianas da ameixeira, mancha bacteriana e buraco de bala, são causadas pelas bactérias Xanthomonas pruni e Pseudomonas syringae. Manchas e buracos aparecem nas folhas da ameixa, e as folhas ficam amarelas e caem. A infecção bacteriana também produz buracos nos frutos em desenvolvimento, fazendo com que apodreçam. Os pulgões espalham o vírus da varíola e a ferrugem da ameixa. No primeiro caso, a produção de frutos é afetada com o desenvolvimento das ameixas deformando-se ou apodrecendo e, no segundo caso, as folhas da ameixa ficam prateadas, enrolam-se e murcham.
As infecções fúngicas são transmitidas pelo vento ou pelo solo, enquanto as infecções bacterianas e virais podem ser transmitidas pelo solo ou transmitidas por pragas. Para mitigar as doenças das ameixeiras, isso ajudará a evitar o plantio de uma ameixeira em uma área anteriormente afetada. Ao cuidar de uma ameixeira já infectada, será necessário podar e queimar as partes doentes e borrifar a árvore com fungicidas, bactericidas e pesticidas. É importante observar que os fungicidas funcionam principalmente como preventivos e podem não ter muito efeito em árvores gravemente infectadas.