A maioria dos abortos espontâneos são causados por causas que não podem ser identificadas. Um grande número é causado por anormalidades cromossômicas, hormônios e escolhas de estilo de vida. Freqüentemente, há problemas com a implantação, ou a idade da mãe pode ser um fator. Às vezes, a rejeição ou infecção do tecido é citada como causa. Existem muitos motivos para o aborto espontâneo e, embora as anormalidades cromossômicas sejam provavelmente as mais comuns, várias características dos pais da criança podem tornar outros fatores mais prováveis.
Anormalidades cromossômicas são um dos motivos mais comuns de aborto espontâneo. Os problemas com os cromossomos são quase inteiramente aleatórios, embora os genes dos pais possam causar um aborto espontâneo. É muito mais provável que a perda do feto seja causada por um óvulo ou espermatozoide defeituoso, o que pode não representar a qualidade geral do potencial reprodutivo dos pais. Se ocorrerem abortos espontâneos repetidos, é mais provável que o problema genético esteja em um dos pais.
Problemas de saúde materna também são motivos comuns de aborto. A deficiência de progesterona é um problema de saúde particularmente comum para as mães, que às vezes resulta em aborto espontâneo. A infecção pode causar aborto, mas este é um problema que às vezes pode ser evitado. Certas doenças, como diabetes não tratada ou síndrome dos ovários policísticos, colocam as mulheres em maior risco de aborto espontâneo, mas esse não é um problema particularmente comum na população porque geralmente é conhecido antes da tentativa de gravidez. A idade da mãe, embora não seja um problema de saúde, também está relacionada a taxas mais altas de aborto.
Normalmente, estilos de vida que afetam negativamente o feto são interrompidos assim que a gravidez é descoberta, portanto, problemas comportamentais são razões relativamente incomuns para aborto espontâneo. Mulheres que continuam a se envolver em atividades como fumar, beber em excesso e usar cafeína durante a gravidez podem sofrer abortos espontâneos em uma taxa maior. Certos medicamentos também podem ter efeito sobre a gravidez. A maioria das mulheres toma muito cuidado para garantir a segurança do feto, o que torna esses motivos cada vez menos frequentes para aborto espontâneo.
Muitas atividades que normalmente causam abortos espontâneos são, na verdade, bastante seguras. As mulheres podem continuar a trabalhar, se exercitar e manter relações sexuais sem representar nenhum risco adicional para o feto. Mesmo razões como trauma materno têm pouca probabilidade de causar aborto, já que durante os primeiros estágios da gravidez, o feto é altamente protegido pelo corpo da mãe. Apenas traumas graves e atividades extremas podem causar aborto espontâneo.
Embora certas razões para aborto espontâneo sejam mais comuns no mundo, ao olhar para grupos específicos, diferentes razões aparecem no topo da lista. Por exemplo, entre os grupos que comumente se envolvem em atividades de risco sem acesso a tratamento médico, como viciados em drogas, as escolhas de estilo de vida são uma das razões mais comuns para o aborto espontâneo. Na verdade, grupos diferentes têm taxas de aborto muito diferentes, o que pode dar à mãe uma estimativa falsa de seu risco. Se os pais ficarem preocupados com a possibilidade de aborto espontâneo, uma consulta com um médico geralmente pode fornecer uma estimativa razoável de segurança.