Os efeitos colaterais mais comuns de enxaguatório bucal incluem irritação das membranas mucosas orais e sensação de queimação na boca. O sabor do enxaguatório bucal pode durar horas, tornando o sabor metálico, amargo ou picante. Para aliviar o efeito colateral da boca ardente, sabores mais sutis de enxaguatório bucal podem ser usados. Às vezes, a ingestão de grandes quantidades de água na boca pode causar efeitos colaterais mais graves. Estes incluem náusea e vômito, tontura, diarréia e tontura.
Embora a ingestão acidental de pequenas quantidades de enxaguatório bucal geralmente não seja considerada grave, o uso deliberado de enxaguatório bucal pode causar sérios efeitos colaterais e pode até ser fatal. Os efeitos colaterais do enxaguatório bucal podem incluir perda de consciência, convulsões e até parada cardíaca devido ao alto teor alcoólico presente em certos enxaguatórios bucais. Esses efeitos colaterais são semelhantes aos observados ao beber quantidades excessivas de bebidas alcoólicas.
Um dos efeitos colaterais do enxaguatório bucal mais preocupante é o seu potencial para aumentar o risco de câncer de faringe e câncer de boca. Novamente, isso se deve ao alto teor alcoólico de certos enxaguantes bucais. Embora possam ser necessárias mais provas para estabelecer um vínculo definitivo, pode ser prudente usar um enxaguatório bucal não alcoólico. Outros efeitos colaterais do enxaguatório bucal incluem irritação e descamação dos tecidos orais, o que é desconfortável e pode preparar o cenário para uma infecção oral ou até uma doença gengival.
Os benefícios do enxaguatório bucal incluem sua capacidade de reduzir bactérias orais que podem levar a doenças gengivais e infecções dentárias. O enxaguatório bucal também pode ajudar a eliminar a placa bacteriana e o mau hálito. Pessoas que usam enxaguatório bucal ou enxágües que contêm flúor podem ter menos risco de desenvolver cáries. Alguns colutórios também podem acalmar a dor de garganta. Gargarejar com enxaguatório bucal pode ajudar a aliviar a dor de garganta causada por uma infecção; no entanto, gargarejar com muita freqüência com um enxaguatório bucal à base de álcool pode contribuir para a dor.
Um profissional de odontologia deve ser consultado quando ocorrerem efeitos colaterais do enxaguatório bucal. Ele pode avaliar os danos nos tecidos orais e discutir a higiene bucal usando enxaguatórios bucais não alcoólicos. Alguns profissionais de odontologia, no entanto, não recomendam o uso de enxaguatório bucal, mas recomendam um bom programa de higiene bucal que inclua escovar os dentes pelo menos duas vezes por dia e usar fio dental entre as refeições.