Tanto a pesquisa básica quanto a aplicada são importantes para o avanço do conhecimento humano, mas funcionam de maneiras ligeiramente diferentes e têm objetivos finais diferentes à vista. A pesquisa básica ou pura é conduzida exclusivamente com o objetivo de coletar informações e desenvolver o conhecimento existente, em oposição à pesquisa aplicada, voltada para a resolução de uma questão específica. Um neurologista que estuda o cérebro para aprender sobre seu funcionamento geral está fazendo pesquisas básicas, enquanto um neurologista que está procurando as origens da doença de Alzheimer está envolvido em pesquisas aplicadas.
Muitas vezes, a pesquisa aplicada se baseia na pesquisa básica existente. A pesquisa básica pode ser considerada a base do conhecimento que fornece às pessoas as informações básicas necessárias para a busca por áreas específicas de pesquisa. No exemplo dos dois neurologistas acima, por exemplo, o neurologista envolvido na pesquisa aplicada sobre uma condição neurológica provavelmente usará a pesquisa publicada pelo neurologista que estuda o cérebro de maneira mais geral.
As linhas entre pesquisa básica e pesquisa aplicada podem se confundir. Por exemplo, um pesquisador que brinca com baterias e métodos de armazenamento de energia pode acidentalmente tropeçar em uma bateria revolucionária que pode ser utilizada como produto comercial. Nesse caso, a pesquisa realizada para desenvolver formas mais gerais de entender e armazenar energia pode ter uma aplicação imediata no mundo real, como armazenar energia solar presa pelos painéis solares em uma casa.
Na pesquisa básica, teorias, idéias e perguntas gerais são exploradas e testadas, de onde o universo vem e como os animais se comunicam. Algumas pessoas sugeriram que esse tipo de pesquisa não deveria ter prioridade, porque nem sempre resulta em um benefício imediato para os seres humanos, mas sem a pesquisa básica, muitos programas de pesquisa aplicados seriam pressionados para começar o que precisam. A pesquisa básica garante que os pesquisadores aplicados não precisem reinventar a roda toda vez que iniciam um novo projeto, porque o trabalho de base foi realizado.
Alguns pesquisadores preferem se concentrar em um tipo de pesquisa ou outro, abordando a curiosidade natural ou preocupações sobre problemas específicos enfrentados pelos seres humanos. Outros podem andar de um lado para o outro ou encontrar-se iniciando um projeto que pode ser considerado básico e que se aplica, ou vice-versa. A flexibilidade na pesquisa é crítica, pois promove a inovação e novas abordagens para problemas científicos. Às vezes, a pesquisa básica é criticada como um porco do financiamento, mas, na verdade, os dois tipos de pesquisa podem custar caro, e investir em pesquisa básica economiza dinheiro a longo prazo, promovendo a exploração do conhecimento geral.
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