Ao contrário de outros símbolos de Iowa, como o selo e a flor do estado, a bandeira do estado de Iowa não foi designada até o século XX. Menos de 20 anos depois que Iowa se juntou à União, a Guerra Civil dos EUA foi travada, após a qual os cidadãos do estado sentiram que a bandeira nacional era tudo o que era necessário. A bandeira foi desenhada em 20 em resposta aos pedidos dos membros da Guarda Nacional de um emblema para representá-los. Após um breve período de uso para esse fim, o desenho da bandeira estadual foi oficialmente adotado pela Assembleia Geral estadual em 1917.
Iowa se juntou à União como o 29º estado em 1846. Entre então e 1917, vários grupos pediram uma bandeira para representar o estado. Os detratores, entretanto, achavam que designar uma bandeira estadual de Iowa serviria para minimizar a importância da bandeira nacional dos Estados Unidos. Esse sentimento foi especialmente proeminente nos anos que se seguiram à Guerra Civil, quando a nação foi reunida recentemente e os habitantes de Iowa não desejavam dar a aparência de se separarem da União.
Em 1917, unidades da Guarda Nacional de Iowa juntaram-se às de outros estados em serviço ao longo da fronteira entre os Estados Unidos e o México. Os guardas notaram que os outros regimentos tinham bandeiras estaduais para representá-los e expressaram o desejo de uma bandeira própria. O governador William L. Harding solicitou o desenho de uma bandeira do estado de Iowa, um projeto que foi realizado pelas Filhas da Revolução Americana (DAR). Membro do DAR e residente em Knoxville, Iowa, Dixie Cornell Gebhardt foi responsável pela apresentação final da bandeira.
Gebhardt escolheu um fundo tricolor para a bandeira do estado de Iowa, com listras verticais de tamanhos iguais em azul, branco e vermelho. Este esquema de cores foi uma referência ao passado francês do estado, que foi adquirido pelos EUA como parte da Compra da Louisiana na França. As cores também têm significados separados, com o azul representando justiça, lealdade e verdade, o branco simbolizando pureza e o vermelho representando coragem.
As listras azuis e vermelhas são sólidas, sem nenhum design apresentado nelas. A faixa branca contém uma águia, a ave nacional dos Estados Unidos, carregando bandeiras azuis em seu bico. Esses banners apresentam o lema do estado de Iowa, “Nossas liberdades que premiamos e nossos direitos que manteremos.” Ao combinar o símbolo nacional com o lema do estado, Gebhardt procurou mostrar que Iowa era uma parte dos Estados Unidos, não uma entidade separada. A característica final da bandeira do estado de Iowa é o nome do estado em letras maiúsculas vermelhas abaixo da águia.
Depois que os Guardas Nacionais de Iowan usaram a bandeira durante a Primeira Guerra Mundial, o estado a adotou oficialmente como a bandeira do estado de Iowa em 29 de março de 1921. Os regulamentos estaduais regem o tamanho adequado e a exibição da bandeira, incluindo uma disposição de que todas as escolas do estado deve hastear a bandeira todos os dias letivos. O Código da Bandeira dos EUA estabelece diretrizes para exibição com a bandeira nacional.