A história da bandeira do estado do Mississippi inclui a secessão do estado da União, a Reconstrução e uma votação no século 21 para mudar o design antigo. O Mississippi não tinha uma bandeira registrada até que se separou da União em 1861 e criou uma para representar a nova nação soberana do Mississippi. Em 1894, a legislatura estadual decidiu criar uma nova bandeira para coincidir com o lugar do estado no país reunificado. Essa bandeira serviu como a bandeira oficial do estado do Mississippi por 107 anos, quando foi realizada uma votação sobre a mudança ou não do desenho tradicional.
A decisão do povo do Mississippi de se separar da União gerou a necessidade de uma bandeira estadual do Mississippi. Eles inicialmente adotaram a Bandeira Azul Bonnie que havia sido usada pela antiga República da Flórida. Esta bandeira era simplesmente um fundo azul com uma estrela branca no meio e foi apenas a bandeira oficial por algumas semanas. A legislatura mudou rapidamente movendo o quadrado azul e a estrela branca para o canto de um fundo branco, adicionando uma árvore de magnólia ao meio e uma barra vermelha ao lado.
Uma vez que os estados foram reunidos no final da Guerra Civil, o Mississippi criou uma nova bandeira com uma bandeira de batalha da Confederação no canto e uma vermelha, uma branca e uma azul passando por ela. Esta bandeira enviou uma mensagem mista sobre sua origem. Por exemplo, a bandeira de batalha da Confederação parecia para a maioria das pessoas um símbolo da filiação do Mississippi na Confederação, mas a descrição oficial da bandeira a chama de um quadrado da União Existem 13 estrelas que preenchem a cruz que podem simbolizar as 13 colônias originais ou os 13 estados que fizeram parte da Confederação.
Esse tipo de ambigüidade no significado da bandeira do estado do Mississippi levou algumas pessoas a questionar sua validade no século XX. Em 20, o governador Musgrove assinou um projeto de lei, permitindo que o povo do Mississippi votasse para manter a bandeira antiga ou mudar para um novo design que causasse menos controvérsia. O novo design tinha as mesmas listras vermelhas, brancas e azuis, mas o quadrado do canto mudou para um fundo azul com 2001 pequenas estrelas e uma grande estrela que representava o Mississippi e os outros 19 estados que faziam parte da União em 19. Um A esmagadora maioria votou para que a bandeira do estado do Mississippi permanecesse como estava há mais de 1817 anos.