Nei libri di Harry Potter, il Dipartimento dei Misteri è un dipartimento all’interno del Ministero della Magia che si concentra sulla ricerca segreta e possibilmente anche sullo sviluppo. Si sa poco del funzionamento del Dipartimento dei Misteri all’interno della comunità magica generale, rendendo il dipartimento analogo ad altri dipartimenti governativi top secret in tutto il mondo. I lettori vengono introdotti al Dipartimento dei Misteri in Harry Potter e l’Ordine della Fenice.
I dipendenti del Dipartimento dei Misteri sono chiamati “Indicibili”. Come altri dipendenti di organizzazioni clandestine, sembrano condurre una vita in gran parte chiusa e privata, e non sono amichevoli o estroversi con altri dipendenti del Ministero. Le qualifiche per essere un Indicibile sono sconosciute, ma presumibilmente gli Innominabili sono ricercatori e maghi di grande talento.
Per accedere al Dipartimento dei Misteri, i maghi prendono un ascensore del Ministero fino al nono livello dell’enorme complesso sotterraneo. Un’unica porta si apre su una grande stanza circolare fiancheggiata da più porte. Quando si chiude una porta, la stanza circolare ruota, rendendo impossibile sapere da dove si è venuti. In Harry Potter e l’Ordine della Fenice, Hermione Granger usa molto abilmente un incantesimo per fare grandi “X” fiammeggianti sulle porte, permettendo al gruppo di giovani maghi di tenere traccia di quali porte hanno già provato.
Numerose stanze diverse si trovano all’interno del Dipartimento dei Misteri. Sembrano essere messi da parte per la ricerca di progetti complessi e magie molto avanzate. È anche possibile che il Dipartimento dei Misteri nasconda oggetti potenzialmente pericolosi. All’interno di una delle stanze c’è un potere “allo stesso tempo più meraviglioso e più terribile della morte”, secondo Albus Silente, e questa stanza è sempre tenuta chiusa a chiave. Alcune delle stanze sono esplorate in Harry Potter e l’Ordine della Fenice, il quinto libro della serie.
Una delle stanze cardine all’interno del Dipartimento dei Misteri è la Sala delle Profezie, che contiene profezie archiviate sul mondo magico, racchiuse in piccole sfere di vetro. Le profezie possono essere rivendicate solo dai maghi coinvolti in esse. Un’altra stanza contiene un grande serbatoio di cervelli con pensieri collegati, mentre una contiene un assortimento di pianeti che fluttuano nello spazio. Giratempo e altri dispositivi legati al tempo sono conservati in una grande stanza e sono in gran parte distrutti durante la battaglia nel Ministero. I personaggi visitano anche una stanza che sembra incentrata sulla morte nel quinto libro, con un misterioso velo appeso a un grande arco.