Los efectos secundarios más comunes de la resonancia magnética son los relacionados con acostarse en un espacio pequeño durante un período prolongado y pueden incluir mareos, dolores de espalda y fatiga. Pueden producirse efectos secundarios más graves como reacción a cualquier medio de contraste utilizado para la resonancia magnética. En circunstancias muy raras, si hay una pieza de metal en el cuerpo, la máquina de resonancia magnética puede obligar al objeto a moverse dentro del cuerpo, causando daños graves. Este es un efecto secundario muy raro, ya que existen estrictas precauciones para protegerse contra este tipo de accidente.
Por lo general, las personas experimentan efectos secundarios de la resonancia magnética que parecen ser causados por los efectos de la resonancia magnética, pero que de hecho son causados por permanecer muy quietos durante largos períodos de tiempo. Es casi seguro que los mareos y dolores de espalda que informan algunos pacientes son causados por permanecer inmóvil sobre una superficie dura durante una hora o más. La fatiga después de una resonancia magnética a menudo es causada por el estrés relacionado con la toma de imágenes, lo que puede ser más agotador de lo que parece durante el procedimiento. Los efectos secundarios de la resonancia magnética, como los dolores de cabeza, a menudo están relacionados con los ruidos fuertes que se escuchan durante una resonancia magnética y son más comunes en las personas que también experimentan migrañas.
Algunas personas experimentan efectos secundarios leves de la resonancia magnética que generalmente se asemejan a una reacción alérgica cuando se usa un medio de contraste. Pueden ocurrir efectos secundarios muy graves de la resonancia magnética cuando un paciente tiene insuficiencia renal grave y se expone a un medio de contraste que contiene gadolinio. Este efecto secundario es una enfermedad llamada fibrosis sistémica nefrogénica, que es incurable y, a veces, mortal. Es relativamente poco probable que uno experimente este efecto secundario, ya que la insuficiencia renal generalmente se identifica antes de una resonancia magnética que involucra gadolinio.
En muy raras ocasiones, el hierro en el cuerpo causará efectos secundarios dolorosos de la resonancia magnética. Los objetos ferromagnéticos pueden moverse con fuerza desde cualquier posición cerca de una máquina de resonancia magnética. Si están dentro del cuerpo, pueden causar un daño importante a los órganos internos. Una persona con empastes de metal en los dientes puede sentir un ligero hormigueo, pero los accesorios dentales menores generalmente no son problemáticos para el procedimiento.
El efecto secundario más común de una resonancia magnética parece ser una sensibilidad elevada a posibles problemas de salud. Una máquina de resonancia magnética es una pieza de tecnología estresante y, a menudo, desconocida, y muchas personas se preocupan mucho por sensaciones que normalmente no se considerarían preocupantes. La percepción de hormigueo o mareo que normalmente pasa desapercibido o cualquier sensación de dolor se convierte en una fuente de gran preocupación. La posibilidad percibida de que ha habido efectos secundarios importantes también provoca síntomas de pánico. Estos efectos secundarios se pueden evitar hablando con un médico de confianza y reconociendo que una resonancia magnética es un procedimiento muy seguro.