En biología, un dominio es la clasificación más alta posible de organismos. Según el sistema moderno, llamado sistema de tres dominios, creado por Carl Woese en 1990, hay tres: Eucaryota (eucariotas), Archaea y Bacteria. Los sistemas más antiguos incluyen el sistema de dos imperios, Prokaryota y Eukaryota, y el sistema de seis reinos, que incluye Protista, Archaebacteria, Eubacteria, Fungi, Plantae y Animalia. Basados en análisis genéticos y argumentos cuidadosos, la mayoría de los científicos han estado de acuerdo en que el sistema actual clasifica mejor la diversidad de la vida.
El sistema de Woese ha sido elogiado por enfatizar la diversidad microbiana y reconocer diferencias fundamentales entre arqueas y bacterias, lo suficiente como para justificar colocarlas en dominios diferentes. Se dice que el sistema de dos imperios ignora estas diferencias, mientras que el sistema de seis reinos enfatiza demasiado la distinción de hongos, plantas y animales, que son todos eucariotas, hechos de células complejas con orgánulos y núcleos. Todos los animales multicelulares son eucariotas.
La división más fundamental en toda la vida es la que existe entre las células procariotas o simples y las eucariotas o células complejas. Las diferencias en los genes del ARNr 16S entre los procariotas los llevaron a dividirse en arqueas y grupos de bacterias, mientras que otros contrastes genéticos dejan en claro la diferencia entre estos grupos y los eucariotas.
Actualmente, se desconoce qué dominio es el linaje de organismos más antiguo del mundo, aunque la evidencia reciente apunta a arqueas. En términos de biomasa, las bacterias son las más numerosas, probablemente seguidas por arqueas y luego eucariotas. Si las bacterias y las arqueas desaparecieran, los eucariotas probablemente se extinguirían, porque la mayoría de los eucariotas dependen íntimamente de estos otros organismos para la alimentación o las interacciones simbióticas, como la fijación de nitrógeno. En los humanos, las bacterias simbióticas del estómago son necesarias para descomponer los carbohidratos complejos.
Archaea es el grupo más nuevo en ser reconocido, identificado como distinto en 1977. Originalmente, estos organismos se encontraban en ambientes extremos, como las aguas termales en el Parque Yellowstone, pero desde entonces se han encontrado prácticamente en todas partes. Las arqueas incluyen algunos de los extremófilos más impresionantes, es decir, organismos que prosperan en temperaturas extremas, acidez, presión, concentración de azúcar, falta de oxígeno u otras variables.