A escolha do motor de popa do barco correto requer uma consideração cuidadosa de muitos fatores. O tamanho do barco e o uso a que se destina são talvez os dois mais importantes. Outras considerações ao escolher um motor incluem o tipo de água em que o barco será usado, bem como a experiência do proprietário do barco; Os proprietários de barcos inexperientes devem escolher um motor de popa que não seja tão potente quanto o tipo usado por operadores de barco experientes. O design do motor também pode ser um fator determinante, uma vez que alguns designs não são oferecidos em todos os tamanhos.
Colocar um motor de popa em um barco grande demais para ele pode causar muitos problemas. Uma das mais perceptíveis é a incapacidade do barco de subir no avião. Um pequeno motor não é capaz de gerar a velocidade necessária para permitir que um barco grande saia da água. Isso também pode ser um problema de segurança, pois o motor pode não ser capaz de empurrar um barco grande contra uma corrente forte. Isso pode fazer com que o barco fique fora de controle e fique à mercê do vento e da correnteza.
Por outro lado, se um motor de barco de popa usado em uma embarcação destinada a pesca à corrica em baixa velocidade for muito grande, o motor pode sofrer com a operação contínua em baixa velocidade. Velas de ignição sujas e superaquecimento costumam ocorrer quando um grande motor é operado em velocidades extremamente baixas por longos períodos de tempo. Outra opção a ser considerada inclui a escolha de motor de 2 ou 4 tempos. Freqüentemente, um motor de 4 tempos operará em velocidades mais lentas muito melhor do que um motor de 2 tempos. Este último sofrerá de plugues sujos de óleo quando não tiver a oportunidade de limpar-se com uma corrida em alta velocidade.
Com a tremenda produção de potência do motor de barco de popa maior, muitas vezes é sábio para o proprietário de barco inexperiente escolher um menor e menos potente. Empurrar um motor grande para seu nível superior de desempenho pode muitas vezes sobrecarregar um velejador inexperiente e levar ao desastre. Um barco se movendo em velocidade máxima é facilmente perturbado pelo menor movimento dos controles. Começar com um motor menor é um método produtivo de ganhar experiência. Depois de dominado, o motor de popa menor pode ser trocado por um modelo maior ou usado em um barco alternativo diferente.