Escolher o melhor pão de centeio é em grande parte uma questão de gosto pessoal. Existem alguns tipos distintos de pão que podem ser comprados ou feitos, então a escolha às vezes é baseada no tipo com os sabores mais familiares. Outra consideração é como o pão será usado, porque seu sabor pode variar de doce e leve a denso e levemente picante. A textura do pão também pode ser muito diferente, dependendo do tipo que é comprado, com a variedade alemã autêntica tendo uma textura seca e muito quebradiça em oposição a um pão mais adequado para confeitaria com uma sensação mais esponjosa. Os ingredientes aromatizantes extras em um pão de centeio também podem ajudar a decidir qual é o melhor sabor, porque alguns contêm sementes de cominho ou erva-doce, enquanto outros têm café ou migalhas de pão torrado dentro.
Uma versão distinta do pão de centeio é conhecida como pumpernickel alemão e é potencialmente um dos primeiros tipos de pão conhecidos. É formado a partir da farinha de centeio que contém bagas de centeio inteiras ou quebradas incluídas na mistura, juntamente com o melaço. O fermento utilizado é o fermento inicial, conferindo ao pão um sabor mais fermentado. A massa é colocada em uma assadeira quadrada e cozida no forno por quase um dia inteiro em alguns casos, deixando-a com um miolo denso e firme e um pouco de secura. Este pão é melhor escolhido quando uma base é necessária para ingredientes úmidos, como cremes para barrar ou frutos do mar curados, como salmão defumado.
Uma versão diferente do pão de centeio pode ser feita de uma maneira mais semelhante a um pão de centeio padrão, com a farinha de centeio sendo misturada com trigo ou farinha multiuso para que haja fios de glúten mais longos e resistentes na massa. A cor marrom profunda do pão não é obtida por meio de um longo cozimento, mas pelo uso de ingredientes de coloração escura, como cacau em pó, melaço, café ou chocolate. Esses pães são transformados em pães redondos em vez dos quadrados de estilo alemão e assados de maneira semelhante ao pão normal. Esse tipo de centeio é melhor para sanduíches ou torradas, porque contém mais umidade e uma textura mais macia do que a variedade alemã.
Em ambos os casos, o pão de centeio deve ser mais pesado do que os outros tipos de pão, o que significa que contém mais centeio do que a farinha de trigo. A adição de sementes de cominho ou funcho é tradicional, mas pães simples podem ser encontrados para quem acha o sabor das sementes desagradável. Outros ingredientes podem incluir frutas secas e nozes, acentuando a doçura do pão. Alguns tipos de pão de centeio produzido comercialmente contêm, na verdade, uma grande quantidade de corantes e adoçantes artificiais, dando-lhes um sabor distintamente diferente dos pães que usam ingredientes mais convencionais.