Um navegador de genoma é uma interface da web usada para visualizar o mapa físico de um cromossomo. Este mapa mostra quanto DNA separa dois genes, medido em pares de bases. Os cromossomos humanos variam em tamanho de 50 milhões a mais de 250 milhões de pares de bases. Um navegador de genoma mostra representações esquemáticas de cromossomos inteiros, bem como esquemas ampliados de genes únicos e até mesmo a sequência real do par de bases.
Um navegador de genoma permite que o usuário role por um cromossomo e dê zoom em determinados locais. Muitos navegadores de genoma permitem que o usuário amplie no nível de visualização da sequência real de DNA, embora a real utilidade de um navegador seja a capacidade de visualizar genes em seu contexto mais amplo, em vez de visualizar a sequência de DNA no nível de nucleotídeo. O tamanho médio de um gene é de 3,000 pares de bases, portanto, quando ampliado no nível do par de bases, o usuário verá menos do que um gene inteiro. O maior gene humano, a distrofina, tem 2.4 milhões de pares de bases.
Além de visualizar representações esquemáticas de genes, os navegadores de genoma também podem mostrar outras informações úteis. Isso pode incluir a porção do gene que é traduzida em proteína, chamada de mRNA, e as sequências de DNA que têm outras funções além da codificação de proteínas. O navegador do genoma também pode mostrar quais segmentos de DNA foram usados no processo de sequenciamento do genoma.
Um grande número de organismos possui genomas sequenciados. Não existe um único navegador padrão para o campo da genômica, portanto, os navegadores de genoma podem variar entre os genomas sequenciados. Os navegadores de genoma têm a função de pesquisar genes ou sequências de interesse, permitindo ao usuário pular de um local genômico para outro. Não seria eficiente rolar por um cromossomo para chegar a um local de interesse, devido ao tamanho muito grande da maioria dos cromossomos.
Alguns navegadores de genoma possuem ferramentas chamadas classificadores de genes. Esta ferramenta exibe uma tabela de genes que estão relacionados entre si. A relação pode ser de vários tipos: homologia de sequência, perfil de expressão semelhante ou proximidade genômica. O usuário pesquisa um gene usando uma palavra ou frase, seleciona o tipo de relacionamento que deseja e o classificador de genes exibe os resultados da pesquisa.