A maioria dos cistos ovarianos desaparece por conta própria e, portanto, não precisa de cirurgia. Os que requerem remoção cirúrgica são geralmente grandes, cancerosos, extremamente doloridos ou sólidos. Durante a cirurgia, será feita uma incisão, o cisto será removido e o tecido será examinado se houver suspeita de câncer. Grampos ou pontos serão usados para fechar a área, e analgésicos serão oferecidos para tratar o desconforto abdominal que geralmente acompanha esse tratamento. Enquanto a cirurgia de cisto ovariano geralmente leva apenas algumas horas, a internação geralmente é de pelo menos três dias, seguidos por um período de recuperação de até quatro semanas.
Esse tipo de tratamento para cistos ovarianos geralmente é o último recurso, pois existem riscos que vêm com qualquer cirurgia, embora ainda sejam muito raros. É possível que as pacientes tenham complicações como sangramento excessivo, infecção, infertilidade, coágulos sanguíneos e a necessidade de remover os ovários, razão pela qual a cirurgia de cisto ovariano geralmente não é o primeiro tratamento oferecido. Antes do agendamento da cirurgia, a maioria dos médicos realiza um exame físico, ultrassom, tomografia computadorizada e exames de urina e sangue, para citar alguns dos exames comuns necessários. Além disso, anticoagulantes e medicamentos antiinflamatórios como a aspirina devem ser descontinuados temporariamente, pois podem causar um efeito adverso após a cirurgia de cisto ovariano.
A maioria dos médicos usa anestesia geral para bloquear a dor da operação e, em seguida, corta o abdome. Os músculos da área são separados primeiro e os vasos sanguíneos são removidos do caminho para que o médico possa remover o cisto. Se houver suspeita de câncer, algum tecido também pode ser removido neste momento para que possa ser testado. Os músculos abdominais são geralmente suturados e a incisão inicial normalmente é fechada com grampos ou pontos. Finalmente, fluidos e medicamentos são administrados por via intravenosa, diretamente após a cirurgia de cisto ovariano.
Embora a dor abdominal desapareça em cerca de dez dias, o período de recuperação pode levar até quatro semanas. Durante esse período, a incisão deve ser limpa regularmente com água e sabão e as pernas devem ser movidas com cuidado, como de costume, para ajudar a prevenir coágulos sanguíneos. Na maioria dos casos, os pacientes podem retornar à sua rotina normal quando se sentirem bem, embora atividades extenuantes devam ser evitadas por até seis semanas. A maioria dos médicos informa suas pacientes quando elas estão totalmente curadas da cirurgia de cisto ovariano e podem retornar às suas atividades normais.