Les perles naturelles et de culture poussent toutes deux à l’intérieur des huîtres. Cependant, les perles naturelles se forment naturellement dans les huîtres tandis que les perles de culture sont formées dans les huîtres par l’implantation humaine d’un noyau. L’autre différence principale entre les deux est qu’une perle naturelle a des couches de nacre ou de nacre plus épaisses qu’une perle de culture.
Les couches de nacre formées sur toutes les perles sont constituées de cristaux microscopiques. La finition irisée des perles provient de l’alignement parfait des cristaux pour qu’ils réfléchissent la lumière. La nacre est composée à 90% de carbonate de calcium et à 10% d’eau et d’autres substances organiques. La couche extérieure de peut être très différente entre les perles naturelles et les perles de culture; les perles naturelles sont souvent moins irisées que les perles de culture.
Les perles naturelles et de culture peuvent également être extrêmement différentes à l’intérieur. Parfois, une forte lumière suffit pour voir à l’intérieur d’une perle, mais généralement, les couches internes d’une perle ne peuvent être vues qu’avec un équipement spécial de type radiographie. Les perles de culture présentent souvent une fine ligne brune autour du noyau, tandis que les perles naturelles n’ont aucun de ces anneaux de croissance.
Les Japonais ont inventé le processus de la méthode du noyau dans la récolte des perles. Le noyau implanté dans l’huître par l’homme est généralement plus gros qu’une perle naturelle, car les couches de nacre ne seront pas aussi épaisses dans une perle de culture. Sinon, l’huître enrobe les deux de nacre pour se protéger de l’irritant étranger.
Contrairement à la croyance populaire, un grain de sable n’est généralement pas assez irritant pour une huître pour la faire former une perle. Les perles naturelles sont souvent formées à partir d’une écaille de poisson, d’un parasite ou d’un morceau de coquille. Les perles naturelles et de culture sont en demande sur le marché d’aujourd’hui, mais la plupart des perles vendues aujourd’hui sont de culture. À moins que les perles n’aient plus de 80 ans, il y a de fortes chances qu’elles soient de culture plutôt que naturelles.
Les perles naturelles sont rares et la plupart des mollusques capables de produire des perles sont presque éteints en raison de la chasse aux perles dans les années 1800. Bahreïn est l’un des rares pays restants à avoir des plongeurs de perles à la recherche de perles naturelles. Tout type de perle peut coûter cher, car toutes les huîtres ne les fabriquent pas. Seule une huître sur 10,000 produira une perle, et seules quelques-unes auront le lustre et la forme souhaités.
L’apparence des perles naturelles et de culture dépend non seulement de l’irritant, mais aussi de l’eau et des conditions alimentaires dans lesquelles vit l’huître. Certains producteurs de perles chinois cultivent des perles d’eau douce de culture très épaisses en nacre car ils déplacent le noyau de la perle au fur et à mesure qu’il grandit dans l’huître, de sorte que la forme résultante sera plus uniformément arrondie. Les perles Akoya sont des perles de culture produites par de petites huîtres japonaises. Des perles arrondies sont implantées dans les huîtres de sorte que les perles Akoya sont généralement beaucoup plus rondes que la plupart des perles d’eau douce de culture.