L’idée d’une pierre philosophale est courante dans la mythologie européenne. JK Rowling a emprunté l’idée d’une pierre alchimiquement créée avec des propriétés magiques pour sa populaire série Harry Potter. Dans les livres Harry Potter, il n’y a qu’une seule pierre philosophale, créée par Nicolas Flamel dans les années 1400. La pierre de Flamel est capable de transformer des objets en or et de produire un élixir de vie qui confère au buveur l’immortalité.
L’objet magique est apparu pour la première fois dans Harry Potter à l’école des sorciers, sorti sous le titre Harry Potter à l’école des sorciers aux États-Unis. Scholastic, l’éditeur américain des livres Harry Potter, pensait que les lecteurs américains ne seraient pas aussi attirés par un livre sur une pierre philosophale. Ce choix a été critiqué, de même que l’américanisation des livres Harry Potter sortis aux États-Unis : de petits changements ont été apportés à la langue que les personnages utilisaient par crainte que les Américains ne la comprennent pas.
La pierre philosophale est un élément crucial du livre. Nicolas Flamel est un ami d’Albus Dumbledore, directeur de l’école de sorcellerie et de sorcellerie de Poudlard. Les deux ont travaillé ensemble sur des projets d’alchimie, travaillant vraisemblablement avec la pierre philosophale elle-même pour explorer ses propriétés. Flamel se tourne également vers Dumbledore pour garder la pierre en sécurité, et dans la première partie du livre, elle est déplacée de l’Abri 713 à Gringotts à Poudlard, où elle est présumée être plus sûre.
En coopérant avec plusieurs instructeurs de l’école, Dumbledore met une série d’obstacles sur le chemin de la pierre philosophale pour la protéger. La série de protections enchantées est conçue pour empêcher Voldemort d’obtenir la pierre philosophale, car Dumbledore craint que Voldemort ne ressuscite. En fin de compte, Voldemort est capable de pénétrer toutes les protections à l’exception de la dernière : Dumbledore dissimule intelligemment la pierre dans le miroir d’Erised de telle sorte que seule quelqu’un qui veut trouver la pierre philosophale mais ne l’utilise pas puisse l’obtenir.
Dans une leçon sur les objectifs et les motifs, Harry l’obtient parce qu’il se regarde dans le miroir sans intention de l’utiliser, et résiste également avec succès à une tentative de Voldemort de prendre la pierre philosophale par la force. Après cette scène culminante, la Pierre Philosophale est détruite pour empêcher Voldemort de l’obtenir, et Nicolas Flamel et sa femme se préparent à leur mort. Harry est initialement préoccupé par les deux, mais Dumbledore souligne que Flamel est vivant depuis plus de six cents ans et est probablement prêt à poursuivre «la prochaine grande aventure» de la mort.