Das Lymphsystem und das Immunsystem sind zwei verschiedene Körpersysteme, die jedoch auf verschiedene Weise miteinander verflochten sind. Das Immunsystem existiert im ganzen Körper, aber die meisten seiner aktiven Komponenten bewegen sich entlang des physischen Weges des Lymphsystems. Ohne Lymphgefäße wären die verschiedenen Funktionen des Immunsystems fast nutzlos. Ein Großteil der Abwehrkräfte des Körpers beruht auf weißen Blutkörperchen und zusätzlicher Sauerstofffreisetzung, die aus dem Lymphsystem gefiltert wird. Diese Zellen werden in den benötigten Bereich transportiert, um Partikel zu bekämpfen, die vom Immunsystem als fremd und möglicherweise gefährlich angesehen werden.
Die Verbindung zwischen Lymphsystem und Immunsystem lässt sich zunächst an einem der sekundären Organe des Lymphsystems, dem Lymphknoten, erkennen. Jedes Protein, das in einem Influenzavirus kodiert oder in Schalentieren vorhanden ist, kann vom Körper als Antigen angesehen werden. Tierallergien sind in der Regel auch auf das Vorhandensein eines unerwünschten Proteins zurückzuführen, wie dies bei einer allergischen Reaktion auf Katzen der Fall ist, da Katzenschuppen hohe Mengen an spezifischem Protein enthalten. Lymphknoten nehmen das Antigen über das Kreislaufsystem über Lymphwege auf und „bringen“ das Antigen dann in naive Immunsystemzellen wie CD4-T-Zellen ein, um den Prozess der Bildung einer intelligenten Immunantwort auf die Substanz zu starten. Lymphknoten haben auch eine hohe Konzentration von Makrophagen des Immunsystems oder Zellen, die unerwünschte Stoffe verdauen und helfen, das Blut und die Lymphe selbst zu reinigen.
Lymphozyten, von denen bekannt ist, dass sie sowohl für das Lymphsystem als auch für das Immunsystem wichtig sind, sind eine Art generische weiße Blutkörperchen, die vom Körper für bestimmte immunvermittelte Aufgaben differenziert werden können. Lymphozyten wachsen im Knochenmark, insbesondere in den langen Knochen des Körpers, wie dem Oberschenkelknochen. Einige der Lymphozyten wandern zur Thymusdrüse und werden in T-Zellen aufgespalten, die Krankheitserreger auf verschiedene andere Weise identifizieren, direkt angreifen oder zerstören, je nachdem, zu welchem T-Zelltyp der Lymphozyten genau wird. Lymphozyten können auch im Knochenmark in B-Zellen unterteilt werden. Nach der Reifung tragen B-Zellen zum Lymphsystem und Immunsystem bei, indem sie Antikörper produzieren und beschleunigen, um bereits erkannte infektiöse Partikel im ganzen Körper zu bekämpfen.
Allergien gegen Dinge wie Staub, Schimmelpilze und Pollen werden ebenfalls durch das Lymphsystem und das Immunsystem vermittelt. Allergiker produzieren nach Exposition gegenüber der reizenden Substanz Antikörper, T-Zellen und B-Zellen, die darauf empfindlich sind. Die Antikörper binden an Mastzellen, eine andere Art von weißen Blutkörperchen, die Histamin produzieren, das für die meisten offensichtlichen allergischen Symptome verantwortlich ist.