Online-Händler sind mit einer Reihe wichtiger Probleme konfrontiert, darunter viele der gleichen Probleme wie die meisten Unternehmen, wie rechtliche, finanzielle und praktische Hürden. Es gibt auch mehrere spezifische E-Commerce-Probleme, die nur für Online-Händler gelten.
Sicherheit ist wohl das wichtigste aller E-Commerce-Themen. Jede Website, die Online-Zahlungen akzeptiert, ist sowohl moralisch als auch rechtlich verpflichtet, alles zu tun, um sicherzustellen, dass die Kartendaten ihrer Kunden geschützt sind. Kleinere Unternehmen finden es möglicherweise einfacher, ein externes Zahlungsabwicklungssystem zu verwenden. Dies bedeutet, dass der Kunde während der Zahlungsphase „Check-out“ an eine unabhängige Firma weitergeleitet wird, die seine Kartendaten überprüft und die Zahlung entgegennimmt. Dies kostet den Händler eine Gebühr, normalerweise eine Provision, die auf dem Verkaufspreis basiert, kann jedoch Stress und Ärger ersparen.
In ähnlicher Weise müssen Online-Händler besonders darauf achten, dass ihre Website nicht mit Viren und anderer bösartiger Software infiziert wird. Auch wenn es nicht unbedingt die Schuld des Händlers ist, kann eine Website, die den Computern der Kunden schadet, verheerende Auswirkungen auf die Kundenbeziehungen haben. Ein besonderer Risikobereich ist, wenn eine Website externe Werbung und Affiliate-Links enthält, die Infektionen übertragen können.
Die Lieferung ist ein weiteres wichtiges Thema. Wenn ein Online-Händler eine unzuverlässige Liefermethode wählt, wird der Kunde wahrscheinlich ihn und nicht das Lieferunternehmen verantwortlich machen. Einzelhändler müssen sich auch für eine Lieferkostenpolitik entscheiden, die das Angebot einer kostenlosen Lieferung, die Erhebung einer Pauschalgebühr, die Berechnung nach Gewicht oder die Belastung des Kunden mit der tatsächlich an ein Lieferunternehmen gezahlten Gebühr umfassen kann.
Eines der weniger bekannten E-Commerce-Probleme sind Website-Besucher mit Behinderungen. Je nach Standort des Einzelhändlers können sie Gesetzen zur Diskriminierung aufgrund von Behinderungen unterliegen; Dies ist eher bei einer E-Commerce-Site als bei einer rein informationsbasierten Site der Fall. Es ist auch eine Frage der Höflichkeit und des guten Geschäftssinns, eine Website so zugänglich wie möglich zu machen. Dazu gehört auch, sicherzustellen, dass die Website durch Barrierefreiheitstechnologie angepasst werden kann. Es ist auch wichtig, Textalternativen zu Fotos und grafischem Text wie Flash-Animationen zu haben, damit der Inhalt von der Screenreader-Technologie für sehbehinderte Benutzer verarbeitet werden kann.
Viele E-Commerce-Probleme ergeben sich aus der Tatsache, dass Online-Händler Waren über staatliche und sogar internationale Linien verkaufen. Dies kann zu komplexen Situationen bei der Erhebung und Verteilung von Steuern und Abgaben führen, sowohl in der Gerichtsbarkeit des Einzelhändlers als auch in der des Verkäufers. Es kann Exportbeschränkungen geben, die einen Online-Händler daran hindern oder einschränken, Waren an einen ausländischen Kunden zu versenden. Bei einigen Produkten kann das gesetzliche Mindestalter der Kunden von Staat zu Staat und von Land zu Land unterschiedlich sein.