Brauner Senf wird seit Jahrhunderten als Medizin zur Behandlung von Erkrankungen eingesetzt, die von einfachen Zahnschmerzen bis hin zu schweren Krämpfen bei kleinen Kindern reichen. Verweise auf Senf als Arzneimittel bedeuten normalerweise braunen Senf. Ein solches Medikament wird typischerweise aus seinen Blättern und Samen gewonnen. In der Antike schätzten die Griechen die medizinischen Eigenschaften des Senfs so sehr, dass sie ihn als Geschenk an die Menschheit betrachteten, das von Asciepios, dem Gott der Heilung, geschaffen wurde.
Die häufigste Anwendung von Senf als Medizin ist äußerlich als Einreibemittel, Umschläge oder Pflaster. Senföl regt die Durchblutung an, indem es die Haut leicht reizt, was Muskelschmerzen lindert. Senfumschläge wurden zur Linderung bestimmter Fälle von Bronchitis und Rippenfellentzündung zugeschrieben.
In kleinen Mengen innerlich eingenommen, können die Inhaltsstoffe von Senf als Abführmittel oder zur Verbesserung der Verdauung verwendet werden. In milden Dosen eingenommen, neigen Extrakte auch dazu, den Magen leicht zu entzünden und Schweiß zu verursachen. Schwitzen ist manchmal hilfreich bei der Behandlung von Fieber, Erkältung und Grippe. Samen, die in großen Mengen eingenommen werden, können Erbrechen auslösen. Das Trinken eines Teelöffels Samen in einem Glas Wasser führt normalerweise innerhalb von 10 Minuten zu Erbrechen. Diese Behandlung wird daher manchmal bei der Notfallbehandlung von Alkohol- oder Drogenüberdosierungen eingesetzt.
In Indien wird Senf in Tee gebraut, um Muskel- und Skelettschmerzen zu lindern und Fieber und Erkältungen zu behandeln. Die Chinesen verwenden außerdem medizinischen Senf zur Behandlung von Geschwüren, Abszessen und Schmerzen, die durch Rheuma und Hexenschuss verursacht werden. Sie halten die Blätter für besonders hilfreich bei der Behandlung von Blasenentzündungen.
Weitere medizinische Anwendungen von Senf sind die Bekämpfung von Gift durch Schlangenbisse und Skorpionstiche, die Linderung von Schmerzen durch Prellungen oder einen steifen Nacken und die Linderung von Koliken und Atemproblemen. Öl aus Senfsamenschalen soll das Haarwachstum fördern. Es wurde auch als ein Mittel zitiert, das bei der Heilung von Ringelflechte hilft.
Brauner Senf wird manchmal auch als Nahrungsergänzungsmittel verwendet, um den Körperspiegel an Eisen, Zink, Chrom und Selen zu erhöhen. Sein Öl wird häufig in der Massagetherapie verwendet. Nicht alle Verwendungen von braunem Senf sind von Vorteil. Brauner Senf enthält eine stark riechende und reizende Chemikalie, Allylisothiocyanat. Diese Verbindung wurde in Kriegszeiten zur Herstellung von Senfgas als chemische Waffe verwendet.
Die Samen und Blätter des braunen Senfs enthalten mehrere komplexe Chemikalien. Dazu gehören Enzyme, Glucosinate, Schwefel, Proteine und Schleimstoffe. Aufgrund der Wirkung dieser Chemikalien verwendeten einige Chirurgen in der Vergangenheit eine Paste aus braunem Senf, um ihre Hände zu desinfizieren, bevor sie Patienten operierten.