Einige Unterschiede zwischen Muffins und Cupcakes sind Dichte, Zuckerguss und die darin gebackenen Lebensmittel. Die Dichte variiert zwischen Muffins und Cupcakes, aber Muffins sind aufgrund des zusätzlichen hinzugefügten Mehls fast immer dichter. Darüber hinaus haben Cupcakes normalerweise Zuckerguss, während Muffins dies nicht tun. Ein weiterer Unterschied zwischen den beiden besteht darin, dass Muffins Lebensmittel wie Gemüse und sogar Fleisch enthalten können, was Cupcakes normalerweise fehlt. Die Grenze zwischen diesen beiden Elementen kann jedoch verschwommen sein, insbesondere wenn moderne Köche keine Angst davor haben, die üblichen Kochregeln zu brechen.
Ein wesentlicher Unterschied zwischen Muffins und Cupcakes besteht darin, dass Muffins als Brot definiert werden, während Cupcakes als kleine Kuchen definiert werden. Muffins haben im Allgemeinen viel mehr Mehl als Cupcakes, was sie dichter macht. Selbst wenn alle anderen Zutaten gleich wären, würde die Dichte eines Muffins auffallen, obwohl das Aussehen ähnlich ist. Manchmal werden Cupcakes dichter als gewöhnlich gemacht, aber sie erreichen normalerweise nicht die Dichte eines Muffins. Darüber hinaus sind Muffins normalerweise mindestens etwas größer als ein Cupcake, während Cupcake-Größen im Allgemeinen Standard oder Mini sind.
Ein weiterer Unterschied zwischen Muffins und Cupcakes besteht darin, dass Cupcakes normalerweise gefrostet sind. Der Zuckerguss ist oft süß oder manchmal herzhaft, aber er ist fast immer auf einem Cupcake vorhanden. Auf der anderen Seite haben Muffins normalerweise keinen Zuckerguss. Sie werden normalerweise pur oder mit Butter, Fruchtkonserven oder anderen Gewürzen gegessen. Wenn Muffins gefrostet werden, werden oft nahrhaftere Zutaten verwendet, im Vergleich zu Frosting für Dessert-orientierte Cupcakes.
Cupcakes haben normalerweise keine Zusätze außer gelegentlich gebackenen Süßigkeiten und dem Zuckerguss, der den Kuchen bedeckt. Muffins hingegen enthalten oft Obst, Gemüse oder verschiedene andere herzhafte Lebensmittel. Im Gegensatz zu Cupcakes sind Muffins oft so konzipiert, dass sie sättigend sind und nicht als Dessert, das am Ende einer Mahlzeit angeboten wird. Im Allgemeinen sind Cupcakes als Dessert gedacht, während Muffins entweder als Dessert oder als normales Lebensmittel gedacht sind.
Manchmal ist die Grenze zwischen Muffins und Cupcakes etwas verschwommen. Muffins können gesüßt werden und manchmal sind Cupcakes schmackhafter als gewöhnlich. Manchmal werden Muffins mit weniger Mehl als üblich hergestellt und Cupcakes können dichter als üblich sein. Manche Leute haben Schwierigkeiten, Muffins und Cupcakes voneinander zu unterscheiden, wenn beide gefrostet sind.