Die Spracherkennungssoftware hat sich seit ihrer Erfindung stark weiterentwickelt, weist jedoch immer noch einige große Probleme auf, die eine ausschließliche Verwendung als Transkriptionsmethode verhindern. Einige der schwer zu lösenden Spracherkennungsprobleme umfassen Variationen in der Aussprache von Wörtern, individuelle Akzente, Homonyme und unerwünschte Umgebungsgeräusche. Ein weiterer Satz von Spracherkennungsproblemen betrifft die Art der Hardware, die verwendet wird, um den Ton tatsächlich einzugeben, da die Ergebnisse einen großen Einfluss darauf haben können, wie die Software die Sprache interpretiert. Es besteht auch das Problem, den Kontext der gesprochenen Wörter nicht zu kennen, was zu Texten führen kann, die keine Satzzeichen oder ungenaue Schreibweisen enthalten.
Eines der grundlegendsten Spracherkennungsprobleme ist die Qualität der verwendeten Eingabegeräte. Wenn ein Mikrofon nicht empfindlich genug – oder übermäßig empfindlich – ist, kann es Audioinformationen erzeugen, die für die Software schwer zu entziffern sind. Dies gilt insbesondere dann, wenn ein Mikrofon so empfindlich ist, dass die Sprache verzerrt wird, wodurch die Erkennungssoftware nahezu nutzlos wird. Ein ähnliches Problem rührt von Hintergrundgeräuschen her, deren Trennung von der Hauptsprache problematisch sein kann und bei Einbeziehung in die Sprachverarbeitung zu ungenauen Übersetzungen führen kann.
Unterschiede in Aussprache, Akzent und Sprechkadenz bilden zusammen eines der am weitesten verbreiteten Spracherkennungsprobleme. Wenn ein einzelnes Wort auf verschiedene Weise ausgesprochen werden kann, kann die Software verwirrt werden und das Gesagte falsch interpretieren. Das gleiche kann passieren, wenn eine Person langsamer oder schneller spricht, als das Programm erwartet. Es gibt einige Teillösungen, wie z. B. das Trainieren der Software in den Sprachmustern eines einzelnen Benutzers und die Verwendung dynamischer Zeitverzerrungsalgorithmen, um die Sprache an die Datenbank von Samples anzupassen, aber sie lösen nicht alle Probleme.
Das komplexeste der Spracherkennungsprobleme besteht darin, den Kontext der gesprochenen Wörter zu identifizieren. Computersoftware ist nicht in der Lage, die beabsichtigte Bedeutung einer Wortsammlung zu erkennen, was zu einer Reihe von Problemen mit dem transkribierten Text führt. Wörter mit ähnlichem Klang wie „ihr“ und „dort“ können nur dann richtig geschrieben werden, wenn der Verwendungskontext bekannt ist. Aus dem gleichen Grund ist es für die Software fast unmöglich, eine genaue Interpunktion allein aufgrund der Kenntnis der Wortfolge zu platzieren. Es gibt funktionale Transkriptionssoftware, die in Bereichen wie der Medizin verwendet wird, aber das Ergebnis ist oft ein Wortblock ohne jede Art von Trennung, was bedeutet, dass es immer noch einen menschlichen Transkriptionisten braucht, um das Dokument zu bearbeiten und eine lesbare endgültige Kopie zu erstellen.