Il termine microscopio digitale può riferirsi a due diverse configurazioni. Può essere un microscopio ottico con videocamera o fotocamera digitale collegata o un microscopio con fotocamera integrata. In entrambi i casi, è in grado di trasmettere la vista di ciò che è sul palco come un’immagine digitale e, in entrambi i casi, la fotocamera può essere definita fotocamera per microscopio digitale. Una fotocamera per microscopio digitale collegata a un microscopio ottico ha lo svantaggio che le lenti sono progettate per l’occhio umano, piuttosto che per la fotocamera, quindi l’immagine potrebbe essere di qualità inferiore rispetto a quella ottenuta con un modello integrato. Alcuni modelli integrati, invece, sono privi di oculare e dipendono dall’ingrandimento dal monitor.
Una fotocamera per microscopio digitale offre una serie di possibilità non disponibili con un microscopio che non dispone di tale fotocamera. Consente di archiviare le immagini per l’archiviazione, di trasmetterle su Internet o di incorporarle nei documenti. Un’immagine proiettata consente lo studio lontano dal microscopio e la condivisione dell’immagine con altri, ad esempio un gruppo di studenti o colleghi, e l’ingrandimento può anche portare a una migliore comprensione dei dati. Con una videocamera si aggiunge la possibilità di registrare e condividere la vista di un fenomeno o di un esperimento nel tempo.
Esistono microscopi ottici monoculare e microscopi trinoculari che sono stati progettati per facilitare il collegamento di una fotocamera o videocamera per microscopio digitale. Nel caso del microscopio monoculare, la fotocamera digitale si adatta a un oculare. Con un microscopio trinoculare, la fotocamera si collega al terzo oculare, che è appositamente progettato per questo uso. Quando si aggiunge una fotocamera per microscopio digitale a un microscopio, un adattatore per microscopio con attacco C è il solito connettore.
Il primo microscopio digitale è stato costruito da Hirox® nel 1986. USB e FireWire ora consentono collegamenti diretti tra la fotocamera del microscopio digitale e il computer. Altre importanti differenze nelle impostazioni del microscopio digitale includono la qualità dell’ottica, la disponibilità di un oculare, il numero di megapixel della fotocamera, il software di immagine utilizzato, se il microscopio è su un supporto o tenuto in mano e il costo .