La microfauna sono piccoli animali e organismi unicellulari visibili solo al microscopio. Di solito, sono definiti come creature di dimensioni inferiori a 0.1 mm (100 micron), con la mesofauna come organismi di dimensioni comprese tra 0.1 mm e 2 mm, sebbene le definizioni possano variare.
Nel suolo, la microfauna si trova in gran numero, generalmente diverse migliaia per grammo. Chiunque può prendere un po’ di terreno umido, metterlo al microscopio e trovare questi organismi. Alcuni degli esempi più comuni e importanti sono i protozoi (eucarioti unicellulari), gli acari (tra gli animali più diversi e di successo), collemboli (imparentati con gli insetti), nematodi (creature trasparenti simili a vermi), rotiferi (chiamati per il loro apparato boccale ciliato) e tardigradi, noti anche come “orsi d’acqua”, uno degli organismi più resistenti in natura. La microfauna può essere trovata in tutto il mondo, ovunque ci sia terreno umido e anche in altri luoghi. I collemboli sono stati trovati nelle valli asciutte di McMurdo in Antartide, uno dei luoghi più freddi e aridi della Terra.
La microfauna è accompagnata dalla microflora, che comprende alghe, batteri, funghi e lieviti, in grado di digerire praticamente qualsiasi sostanza organica, e alcune sostanze inorganiche, come il TNT e la gomma sintetica.
Gli animali più grandi che si trovano anche nel suolo sono chiamati mesofauna, come lombrichi, artropodi e grandi nematodi, e la macrofauna, che comprende mammiferi scavatori come talpe e conigli. La microfauna è la meno conosciuta della vita del suolo, a causa delle sue piccole dimensioni e della grande diversità. Molti sono membri dei cosiddetti “criptozoi”, animali che non vengono descritti dalla scienza. Dei 10-20 milioni di specie animali stimate nel mondo, solo 1.8 milioni hanno ricevuto nomi scientifici e molti dei restanti milioni probabilmente appartengono a questo gruppo, molti dei quali ai tropici.
La microfauna vive in minuscoli pori tra i grani di terreno e molti sono acquatici. Alcuni sono sessili, nel senso che si attaccano a un substrato per tutta la vita e non si muovono mai. Questi animali fecondano i loro compagni rilasciando spermatozoi ciliati, mentre loro stessi rimangono fermi. Possono essere trovati anche sul corpo umano e la casa umana media ha migliaia di acari che si guadagnano da vivere digerendo le cellule morte della pelle.